Voir la source de Séquençage shotgun

{{Homonymes|Shotgun}}
En [[génétique]], le '''séquençage ''{{langue|en|shotgun}}''''' (littéralement séquençage « fusil de chasse ») est une méthode utilisée pour [[Séquençage|séquencer]] des brins d'[[Acide désoxyribonucléique|ADN]] aléatoires. On l'appelle ainsi par analogie avec le modèle de tir quasi-aléatoire en pleine expansion d'un [[fusil de chasse]] : cette métaphore illustre le caractère aléatoire de la fragmentation initiale de l'ADN génomique où l'on « arrose » tout le génome, un peu comme se dispersent les plombs de ce type d'arme à feu. 

La méthode de terminaison de chaîne du [[Séquençage de l'ADN|séquençage d'ADN]] (« méthode de Sanger ») ne peut être utilisée que pour des brins d'ADN courts de {{nobr|100 à 1 000 [[Paire de bases|paires de bases]]}}. En raison de cette limite de taille, les séquences plus longues sont subdivisées en fragments plus petits qui peuvent être séquencés séparément, et ces séquences sont [[Assemblage (bio-informatique)|assemblées]] pour donner la séquence globale. 

Il existe deux méthodes principales pour ce processus de fragmentation et de séquençage. L'[[arpentage chromosomique]] (ou « marche des chromosomes ») progresse sur le brin entier morceau par morceau, tandis que le séquençage ''shotgun'' est un processus plus rapide mais plus complexe qui utilise des fragments aléatoires. 

Dans le séquençage ''shotgun''<ref name="Staden">{{Article |langue=en|auteur1=Staden |prénom1=R |titre=A strategy of DNA sequencing employing computer programs |périodique=Nucleic Acids Research |volume=6 |numéro=70 |date= 1979|pmid=461197 |pmcid=327874 |doi=10.1093/nar/6.7.2601 |pages=2601–10 }}</ref>{{,}}<ref>{{Article|langue=en|auteur1=Anderson |prénom1=S |titre=Shotgun DNA sequencing using cloned DNase I-generated fragments |périodique=Nucleic Acids Research |volume=9 |numéro=13 |date= 1981|pmid=6269069 |pmcid=327328 |doi=10.1093/nar/9.13.3015 |pages=3015–27 }}</ref>, l'ADN est décomposé aléatoirement en de nombreux petits segments, qui sont séquencés en utilisant la méthode de terminaison de chaîne pour obtenir des « lectures » (''reads''). Des lectures multiples qui se chevauchent sur l'ADN cible sont obtenues en effectuant plusieurs [[itérations]] de cette fragmentation et de ce séquençage. Les programmes informatiques utilisent ensuite les extrémités qui se chevauchent issues de différentes lectures pour les assembler en une séquence continue. 

Le séquençage ''shotgun'' était l'une des technologies fondatrices à l'origine des projets de séquençage complet du [[génome]].

== Exemple ==
Par exemple, considérons les deux séries de lectures ''shotgun'' suivantes : 
{| class="wikitable"
! Brin 
! Séquence 
|-
| Original 
| <code><big>AGCATGCTGCAGTCATGCTTAGGCTA</big></code> 
|-
| Première séquence ''shotgun'' 
| <code><big>AGCATGCTGCAGTCATGCT-------</big></code> <br /> <code><big>-------------------TAGGCTA</big></code> 
|-
| Deuxième séquence ''shotgun'' 
| <code><big>AGCATG--------------------</big></code> <br /><code><big>------CTGCAGTCATGCTTAGGCTA</big></code> 
|-
| Reconstruction 
| <code><big>AGCATGCTGCAGTCATGCTTAGGCTA</big></code> 
|}
Dans cet exemple extrêmement simplifié, aucune des lectures ne couvre toute la longueur de la séquence d'origine, mais les quatre lectures peuvent être assemblées dans la séquence d'origine en utilisant le chevauchement de leurs extrémités pour les aligner et les ordonner. En réalité, ce processus utilise d'énormes quantités d'informations qui regorgent d'ambiguïtés et d'erreurs de séquençage. L'assemblage de génomes complexes est en outre compliqué par la grande abondance de [[Séquence répétée|séquences répétitives]], ce qui signifie que de courtes lectures similaires pourraient provenir de parties complètement différentes de la séquence. 

De nombreuses lectures se chevauchant pour chaque segment de l'ADN d'origine sont nécessaires pour surmonter ces difficultés et assembler avec précision la séquence. Par exemple, pour achever le [[Projet génome humain|projet du génome humain]], la majeure partie du génome humain a été séquencée à une ''couverture'' de 12 fois ou plus, c'est-à-dire que chaque base de la séquence finale était présente en moyenne dans 12 lectures différentes. Malgré cela, les méthodes dont on dispose en 2004 n'ont pas réussi à isoler ou à assembler une séquence fiable pour environ 1% du génome ([[Euchromatine|euchromatique]]) humain<ref name="HGS2004">{{Article |auteur1=Human Genome Sequencing Consortium |prénom1=International |titre=Finishing the euchromatic sequence of the human genome |périodique=Nature |volume=431 |numéro=7011 |date=21 octobre 2004|pmid=15496913 |doi=10.1038/nature03001 |bibcode=2004Natur.431..931H |accès url=libre|pages=931–945 }}</ref>. 

== Séquençage ''shotgun'' du génome entier ==

=== Histoire ===
L'idée d'utiliser le séquençage ''shotgun'' du génome entier pour les petits génomes (4000 à 7000 paires de bases) a été suggérée pour la première fois en 1979<ref name="Staden" />. Le premier génome séquencé par le séquençage ''shotgun'' était celui du [[virus de la mosaïque du chou-fleur]], publié en 1981<ref>{{Article |langue=en |auteur1=Gardner |prénom1=Richard C. |auteur2=Howarth |prénom2=Alan J. |auteur3=Hahn |prénom3=Peter |auteur4=Brown-Luedi |prénom4=Marianne |titre=The complete nucleotide sequence of an infectious clone of cauliflower mosaic virus by M13mp7 shotgun sequencing |périodique=Nucleic Acids Research |volume=9 |numéro=12 |date=25 juin 1981|issn=0305-1048 |pmid=6269062 |pmcid=326899 |doi=10.1093/nar/9.12.2871 |lire en ligne=http://nar.oxfordjournals.org/content/9/12/2871 |pages=2871–2888 }}</ref>{{,}}<ref>{{Article |langue=en |auteur1=Doctrow |prénom1=Brian |titre=Profile of Joachim Messing |périodique=Proceedings of the National Academy of Sciences |volume=113 |numéro=29 |date=19 juillet 2016|issn=0027-8424 |pmid=27382176 |pmcid=4961156 |doi=10.1073/pnas.1608857113 |pages=7935–7937 }}</ref>. 

=== Séquençage à extrémité appariée ===
Une application plus large a bénéficié du séquençage d'extrémités par paires, connu familièrement sous le nom de séquençage ''fusil de chasse (shotgun) à'' ''double canon''. Alors que les projets de séquençage commençaient à prendre en compte des séquences d'ADN plus longues et plus complexes, plusieurs groupes de chercheurs ont commencé à réaliser que des informations utiles pouvaient être obtenues en séquençant les deux extrémités d'un fragment d'ADN. Bien que le séquençage des deux extrémités du même fragment et le suivi des données appariées soient plus lourds que le séquençage d'une seule extrémité de deux fragments distincts, le fait de savoir que les deux séquences étaient orientées dans des directions opposées et avaient environ la longueur d'un fragment indépendamment l'une de l'autre s'est avéré utile pour reconstruire la séquence du fragment cible d'origine. 

La première description publiée de l'utilisation du séquençage des extrémités appariées remonte à 1990<ref>{{Article |auteur1=Edwards |prénom1=A |auteur2=Caskey, T |titre=Closure strategies for random DNA sequencing |périodique=Methods: A Companion to Methods in Enzymology |volume=3 |numéro=1 |date= 1991|doi=10.1016/S1046-2023(05)80162-8 |pages=41–47 }}</ref> dans le cadre du séquençage du [[locus]] [[Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransférase|HGPRT]] humain, bien que l'utilisation des extrémités appariées se soit limitée dans ce cas-ci à combler les lacunes après l'application d'une approche traditionnelle de séquençage ''shotgun''. La première description théorique d'une stratégie de séquençage d'extrémités par paires pures, en supposant des fragments de longueur constante, date de 1991<ref>{{Article |auteur1=Edwards |prénom1=A |auteur2=Voss, H. |auteur3=Rice, P. |auteur4=Civitello, A. |titre=Automated DNA sequencing of the human HPRT locus |périodique=Genomics |volume=6 |numéro=4 |date= 1990|pmid=2341149 |doi=10.1016/0888-7543(90)90493-E |pages=593–608 }}
</ref>. À l'époque, il y avait un consensus de la communauté que la longueur optimale de fragment pour le séquençage d'extrémité par paire serait trois fois la longueur de lecture de séquence. En 1995, Roach ''[[et al.]]''<ref>{{Article |auteur1=Roach |prénom1=JC |auteur2=Boysen, C |auteur3=Wang, K |auteur4=Hood, L |titre=Pairwise end sequencing: a unified approach to genomic mapping and sequencing |périodique=Genomics |volume=26 |numéro=2 |date= 1995|pmid=7601461 |doi=10.1016/0888-7543(95)80219-C |pages=345–353 }}</ref> innovent en utilisant des fragments de tailles variables et démontrent qu'une stratégie de séquençage d'extrémités par paires pures serait possible sur des génomes-cibles plus grands. La stratégie a ensuite été adoptée par [[The Institute for Genomic Research|l'Institut de recherche génomique]] (TIGR) pour séquencer le génome de la bactérie ''[[Haemophilus influenzae]]'' en 1995<ref>{{Article |auteur1=Fleischmann |prénom1=RD |titre=Whole-genome random sequencing and assembly of Haemophilus influenzae Rd |périodique=Science |volume=269 |numéro=5223 |date= 1995|pmid=7542800 |doi=10.1126/science.7542800 |bibcode=1995Sci...269..496F |lire en ligne=https://semanticscholar.org/paper/bedebd5292024baef3d53b4bac79a4f9d99c7687 |pages=496–512 }}</ref>, puis par [[Celera Genomics]] pour séquencer le génome de ''[[Drosophila melanogaster]]'' (mouche du vinaigre) en 2000<ref>{{Article |auteur1=Adams |prénom1=MD |titre=The genome sequence of Drosophila melanogaster |périodique=Science |volume=287 |numéro=5461 |date= 2000|pmid=10731132 |doi=10.1126/science.287.5461.2185 |bibcode=2000Sci...287.2185. |lire en ligne=http://faculty.evansville.edu/be6/b4456/genomep/adams.pdf |pages=2185–95 }}</ref> puis le génome humain. 

=== Approche ===
Pour appliquer cette stratégie, un brin d'ADN de [[poids moléculaire]] élevé est cisaillé en fragments aléatoires, sélectionnés en fonction de la taille (généralement 2, 10, 50 et 150 [[Kilobase|kb]]) et [[Clonage|clonés]] dans un [[Vecteur (biologie)|vecteur]] approprié. Les clones sont ensuite séquencés à partir des deux extrémités en utilisant la méthode de terminaison de chaîne qui renvoie deux courtes séquences. Chaque séquence est appelée ''lecture de fin'' ou ''lecture 1'' et ''lecture 2,'' et deux lectures du même clone sont appelées ''paires d'accouplement''. Étant donné que la méthode de terminaison de chaîne ne peut généralement produire que des lectures de 500 à 1 000 bases de long, dans tous les clones sauf les plus petits, les paires d'accouplement se chevauchent rarement. 

=== Assemblage ===
La séquence d'origine est reconstruite à partir des lectures à l'aide d'un logiciel d'[[Assemblage (bio-informatique)|assemblage de séquences]]. Tout d'abord, les lectures qui se chevauchent sont collectées en séquences composites plus longues appelées ''[[Contig|contigs]]''. Les contigs peuvent être reliés entre eux en ''échafaudages'' en suivant les connexions entre les paires de partenaires . La distance entre les contigs peut être déduite des positions des paires d'accouplement si la longueur moyenne des fragments de la [[Banque de gènes|banque]] est connue et possède une fenêtre de déviation restreinte. Selon la taille de l'espace entre les contigs, différentes techniques peuvent être utilisées pour trouver la séquence dans les espaces. Si l'écart est petit (5-20 kb), alors il faut utiliser une [[réaction en chaîne par polymérase]] (PCR) pour amplifier la région, suivie d'un séquençage. Si l'écart est grand (> 20 kb), alors le grand fragment est cloné dans des vecteurs spéciaux tels que des [[Chromosome artificiel bactérien|chromosomes artificiels bactériens]] (BAC), puis on séquence le vecteur. 

=== Avantages et inconvénients ===
Les partisans de cette approche soutiennent qu'il est possible de séquencer le génome entier en une fois en utilisant de grands tableaux de séquenceurs, ce qui rend l'ensemble du processus beaucoup plus efficace que les approches plus traditionnelles. Les détracteurs soutiennent que bien que la technique puisse séquencer rapidement de grandes régions d'ADN, sa capacité à relier correctement ces régions par la suite est discutable, en particulier pour les génomes avec des [[Séquence répétée|régions répétitives]]. À mesure que les programmes d'assemblage de séquences deviennent plus sophistiqués et que la puissance de calcul devient moins chère, il peut être possible de surmonter cette limitation{{Référence nécessaire|date=octobre 2019}}.   

=== Couverture ===
La couverture (profondeur ou profondeur de lecture) est le nombre moyen de lectures représentant un [[nucléotide]] donné dans la séquence reconstruite. Il peut être calculé à partir de la longueur du génome d'origine (''G''), du nombre de lectures (''N'') et de la longueur moyenne de lecture (''L'') par le biais du calcul <math>N\times L/G</math> . Par exemple, un génome hypothétique avec 2 000 paires de bases reconstruit à partir de 8 lectures avec une longueur moyenne de 500 nucléotides aura une redondance de 2 x (deux fois). Ce paramètre permet également d'estimer d'autres quantités, comme le pourcentage du génome couvert par les lectures (parfois aussi appelé couverture). Une couverture élevée dans le séquençage ''shotgun'' est souhaitée car elle peut surmonter les erreurs dans l'appel et l'assemblage des [[Base azotée|bases]]. Le domaine de la théorie du séquençage de l'ADN aborde les relations liées à de telles quantités. 

Parfois, une distinction est faite entre la ''couverture de séquence'' et la ''couverture physique''. La couverture de séquence est le nombre moyen de lectures d'une base (comme décrit ci-dessus). La couverture physique est le nombre moyen de fois qu'une base est lue ou couverte par des lectures de paires d'accouplement<ref name="MeyersonFig1">{{Article |auteur1=Meyerson |prénom1=M. |auteur2=Gabriel |prénom2=S. |auteur3=Getz |prénom3=G. |titre=Advances in understanding cancer genomes through second-generation sequencing |périodique=Nature Reviews Genetics |volume=11 |numéro=10 |année=2010 |pmid=20847746 |pmcid= |doi=10.1038/nrg2841 |pages=685–696 }}</ref>. 

== Séquençage ''shotgun'' hiérarchique ==
[[Fichier:Whole_genome_shotgun_sequencing_versus_Hierarchical_shotgun_sequencing.png|vignette| Dans le séquençage ''shotgun'' du génome entier (en haut), le génome entier est cisaillé au hasard en petits fragments (de taille appropriée pour le séquençage) puis ces fragments sont réassemblés. Dans le séquençage ''shotgun'' hiérarchique (en bas), le génome est d'abord divisé en segments plus grands. Une fois l'ordre de ces segments déduit, ils sont ensuite cisaillés en fragments de taille appropriée pour le séquençage. ]]
Bien que le séquençage ''shotgun'' puisse en théorie être appliqué à des génomes de toutes tailles, son application directe au séquençage de grands génomes (par exemple, le génome humain) a été limitée jusqu'à la fin des années 1990, lorsque les progrès technologiques ont finalement rendu pratique la manipulation de vastes quantités de données complexes générées dans le processus<ref name="genome sequencing">Dunham, I. ''Genome Sequencing''. Encyclopedia of Life Sciences, 2005. {{Doi|10.1038/npg.els.0005378}}</ref>. Historiquement, le séquençage ''shotgun'' du génome complet était censé être limité à la fois par la taille des grands génomes et par la complexité ajoutée par le pourcentage élevé d'ADN répétitif (supérieur à 50% pour le génome humain) présent dans les grands génomes<ref name="venter">Venter, J. C. ‘’Shotgunning the Human Genome: A Personal View.’’ Encyclopedia of Life Sciences, 2006.</ref>. Il n'était pas largement accepté qu'un séquençage ''shotgun'' d'un génome complet appliqué à un grand génome fournirait des données fiables. Pour ces raisons, d'autres stratégies qui ont réduit la charge de calcul de l'assemblage de séquences ont dû être utilisées avant le séquençage ''shotgun''. Dans le séquençage hiérarchique, également connu sous le nom de séquençage descendant (''top-down''), une [[cartographie génétique]] à faible résolution du génome est établie avant le séquençage réel. À partir de cette carte, un nombre minimal de fragments qui couvrent l'ensemble du chromosome sont sélectionnés pour le séquençage<ref name="textbook">Gibson, G. and Muse, S. V. ''A Primer of Genome Science''. 3rd ed. P.84</ref>. De cette façon, la quantité minimale de séquençage et d'assemblage à haut débit est requise. 

Le génome amplifié est d'abord cisaillé en morceaux plus gros (50-200 kb) puis cloné dans un hôte bactérien en utilisant des BAC ou des [[Chromosome artificiel dérivé du phage P1|chromosomes artificiels dérivés de P1]] (PAC). Comme plusieurs copies du génome ont été cisaillées au hasard, les fragments contenus dans ces clones auront des extrémités différentes, et avec une couverture suffisante (voir la section ci-dessus), il est théoriquement possible de trouver un échafaudage (''scaffold'') de contigs BAC qui couvre le génome entier. Cet échafaudage est appelé chemin de tuiles (''tiling path''). 
[[Fichier:Tiling_path.png|vignette| Un contig BAC couvrant toute la zone d'intérêt du génome constitue le chemin de tuiles. ]]
Une fois qu'un chemin de tuiles a été trouvé, les BAC qui forment ce chemin sont cisaillés au hasard en fragments plus petits et peuvent être séquencés en utilisant la méthode ''shotgun'' à plus petite échelle. 

Bien que les séquences complètes des contigs BAC ne soient pas connues, on connaît en revanche leurs orientations les unes par rapport aux autres. Il existe plusieurs méthodes pour déduire cet ordre et sélectionner les BAC qui composent un chemin de tuiles. La stratégie générale consiste à identifier les positions des clones les uns par rapport aux autres, puis à sélectionner le moins de clones possible requis pour former un échafaudage contigu couvrant toute la zone d'intérêt. L'ordre des clones est déduit en déterminant la manière dont ils se chevauchent<ref name="genome map">Dear, P. H. ''Genome Mapping''. Encyclopedia of Life Sciences, 2005. {{Doi|10.1038/npg.els.0005353}}.</ref>. Les clones qui se chevauchent peuvent être identifiés de plusieurs façons. Une petite [[Sonde de biologie moléculaire|sonde]] radioactivement ou chimiquement marquée contenant un site à séquence marquée (STS) peut être hybridée sur une [[Puce à ADN|micropuce]] sur laquelle les clones sont empreints. De cette façon, on peut identifier tous les clones qui contiennent une séquence particulière dans le génome. L'extrémité de l'un de ces clones peut ensuite être séquencée pour donner une nouvelle sonde et on répète le processus dans une méthode appelée arpentage chromosomique. 

Alternativement, la banque BAC peut être digérée par des [[Enzyme de restriction|enzymes de restriction]]. On déduit que deux clones qui ont plusieurs tailles de fragments en commun se chevauchent parce qu'ils contiennent en commun plusieurs sites de restriction espacés de manière similaire<ref name="genome map" />. Cette méthode de cartographie génomique est appelée empreinte digitale de restriction car elle identifie un ensemble de [[Site de restriction|sites de restriction]] contenus dans chaque clone. Une fois qu'on a trouvé le chevauchement entre les clones et qu'on connaît leur ordre par rapport au génome, on séquence par ''shotgun'' un échafaudage d'un sous-ensemble minimal de ces contigs qui couvre l'ensemble du génome<ref name="textbook" />. 

Parce qu'il implique d'abord de créer une carte à faible résolution du génome, le séquençage ''shotgun'' hiérarchique est plus lent que le séquençage ''shotgun'' du génome entier, mais il est cependant moins dépendant des algorithmes informatiques. Néanmoins, le processus de création de banque BAC et de sélection de chemin de tuiles rend le séquençage ''shotgun'' hiérarchique lent et laborieux. Maintenant qu'on dispose d'une technologie adaptée et que l'on a démontré la fiabilité des données<ref name="venter" />, la vitesse et la rentabilité du séquençage ''shotgun'' du génome entier en ont fait la principale méthode de séquençage du génome. 

== Nouvelles technologies de séquençage ==
Le séquençage ''shotgun'' classique était basé sur la [[Méthode de Sanger|méthode de séquençage de Sanger]] : c'était la technique la plus avancée pour séquencer les génomes d'environ 1995 à 2005. La stratégie ''shotgun'' est toujours appliquée aujourd'hui, mais est basée sur d'autres technologies de séquençage, telles que le séquençage à lecture courte et le séquençage à lecture longue. 

Le séquençage à lecture courte ou "nouvelle génération" produit des lectures plus courtes (de 25 à 500 [[Paire de bases|pb]]) mais plusieurs centaines de milliers ou millions de lectures en un temps relativement court (de l'ordre d'une journée)<ref>{{Article |auteur1=Karl |prénom1=V |titre=Next Generation Sequencing: From Basic Research to Diagnostics |périodique=Clinical Chemistry |volume=55 |numéro=4 |date= 2009|pmid=19246620 |doi=10.1373/clinchem.2008.112789 |accès url=libre|pages=41–47 }}</ref>. Il en résulte une couverture élevée, mais le processus d'assemblage est beaucoup plus intensif en termes de calcul. Ces technologies sont largement supérieures au séquençage Sanger en raison du volume élevé de données et du temps relativement court nécessaire pour séquencer un génome entier<ref>{{Article |auteur1=Metzker |prénom1=Michael L. |titre=Sequencing technologies - the next generation |périodique=Nat Rev Genet |volume=11 |numéro=1 |date= 2010|pmid=19997069 |doi=10.1038/nrg2626 |lire en ligne=http://jics.utk.edu/files/images/csure-reu/PDF-FINAL-POSTER/Taylor-Pierre.pdf |pages=31–46 }}</ref>. 

== Séquençage ''shotgun'' métagénomique ==
Des lectures de 400 à 500 paires de bases sont suffisantes pour déterminer l'espèce ou la souche à laquelle appartient l'organisme d'où provient l'ADN, à condition que son génome soit déjà connu, en utilisant par exemple un logiciel de [[Taxonomie|classification taxonomique]] basé sur [[K-mer]]. Avec des millions de lectures issues du séquençage de prochaine génération d'un échantillon environnemental, il est possible d'obtenir un aperçu complet de tout [[microbiome]] complexe avec des milliers d'espèces, comme la [[Microbiote intestinal humain|flore intestinale]]. Les avantages par rapport au séquençage d'[[amplicon]] d'[[ARNr 16S]] sont : 

*  le fait qu'il ne se limite pas qu'aux bactéries ; 
*  la classification au niveau de la souche où le séquençage d'amplicon ne renvoie que le [[Genre (biologie)|genre]] ; 
* la possibilité d'extraire des gènes entiers et de spécifier leur fonction dans le cadre du [[Métagénomique|métagénome]]<ref>{{Article |auteur1=Roumpeka |prénom1=Despoina D. |titre=A review of bioinformatics tools for bio-prospecting from metagenomic sequence data |périodique=Frontiers in Genetics |volume=8 |date= 2017|pmid=28321234 |pmcid=5337752 |doi=10.3389/fgene.2017.00023 |pages=23 }}</ref>.

La sensibilité du séquençage métagénomique en fait un choix attrayant pour une utilisation clinique<ref>{{Article |auteur1=Gu |prénom1=Wei |titre=Clinical Metagenomic Next-Generation Sequencing for Pathogen Detection |périodique=Annual Review of Pathology: Mechanisms of Disease |volume=14 |date= 2018|pmid=30355154 |pmcid=6345613 |doi=10.1146/annurev-pathmechdis-012418-012751 |pages=319–338 }}</ref>. Il met cependant l'accent sur le problème de [[Contamination (toxicologie)|contamination]] de l'échantillon ou du pipeline de séquençage<ref>{{Article |auteur1=Thoendel |prénom1=Matthew |titre=Impact of contaminating DNA in whole genome amplification kits used for metagenomic shotgun sequencing for infection diagnosis |périodique=Journal of Clinical Microbiology |volume=55 |numéro=6 |date= 2017|pmid=28356418 |pmcid=5442535 |doi=10.1128/JCM.02402-16 |pages=1789–1801 }}</ref>. 

== Voir aussi ==

=== Notes ===
{{Traduction/Référence|lang1=en|art1=Shotgun sequencing|id1=951662538}}

=== Références ===
{{Références}}

=== Articles connexes ===

*[[Banque de gènes|Banque génomique]]

* [[Séquençage de l'ADN]]

* [[Théorie du séquençage de l'ADN]] 

=== Bibliographie ===

* {{En}} [https://www.the-scientist.com/news-analysis/shotgun-sequencing-comes-of-age-52332 "Le séquençage ''shotgun'' arrive à maturité"]par ''Tabitha Powledge'', ''2002'', sur ''TheScientist''
* {{En}} "[http://www.spaceref.com/news/viewpr.html?pid=21532 Le séquençage ''shotgun'' permet de trouver des nano-organismes] : une sonde de drainage minier acide révèle un [[Archaea|archée]] de la taille d'un virus qu'on n'attendait pas" ''Communiqué de presse de l'[[Université de Californie à Berkeley]]'', ''2006''

=== Liens externes ===

* Cet article contient du matériel du domaine public issu du document du [[National Center for Biotechnology Information|NCBI]] appelé "[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?call=bv.View..ShowTOC&rid=handbook.TOC&depth=2 NCBI Handbook]".
{{Portail|biologie cellulaire et moléculaire}}

[[Catégorie:Séquençage de l'ADN]]
[[Catégorie:Biologie moléculaire]]
[[Catégorie:Pages avec des traductions non relues]]