Voir la source de Test diagnostique du SARS-CoV-2

[[File:CDC 2019-nCoV Laboratory Test Kit.jpg|thumb|Kit [[Centres pour le contrôle et la prévention des maladies|CDC]] de diagnostic par RT-PCR [[Réaction en chaîne par polymérase#Après transcription inverse|transcription inverse suivie d'une amplification en chaîne par polymérase]] pour le Coronavirus 2019-nCoV, rebaptisé [[SARS-CoV-2]].]] 
[[File:2020-03-06 — Atemschutzmaske-Corona-Testset.jpg|thumb|Écouvillons stériles pour prélèvements à fin de recherche du coronavirus [[SARS-CoV-2]] en laboratoire.]]

Un '''test diagnostique du [[SARS-CoV-2]]''' peut être effectué en cas de suspicion de [[maladie à coronavirus 2019]] (Covid-19) à l'[[examen clinique]] et en complément à des examens approfondis ([[tomodensitométrie]], etc.). Il peut être effectué par des tests de [[réaction en chaîne par polymérase]] après [[transcriptase inverse]] pour la détection de l'ARN viral (RT-PCR, pour « ''reverse transcription - polymerase chain reaction'' ») ou par des tests à base d'anticorps [[Méthode immuno-enzymatique ELISA|ELISA]] pour la détection des [[protéine]]s du [[virion]].

L'infrastructure de recherche européenne EVA (European Virus Archive) s'est rapidement organisée pour fournir aux [[Laboratoire de diagnostic des infections virales|laboratoires de diagnostic]] du monde entier des éléments viraux destinés à servir de contrôle pour les tests fondés sur l'ARN ou sur la protéine<ref>{{Lien brisé |langue=en |titre=Wuhan coronavirus |url=https://www.european-virus-archive.com/evag-news/wuhan-coronavirus |site=www.european-virus-archive.com |consulté le=2020-03-04}}.</ref>.

== Types de tests ==
=== RT-PCR (ou par biologie moléculaire, détection de gènes) ===
==== Historique de la méthode PCR ====
La méthode PCR - l’amplification en chaîne par [[polymérase]] (ACP), ou réaction de polymérisation en chaîne {{langue|en|reverse transcription - polymerase chain reaction}} (ou PCR en anglais) - est une méthode de biologie moléculaire d'amplification génique in vitro.
Cette méthode PCR est inventée, en 1983, par [[Kary Mullis]] alors chercheur dans la synthèse des [[oligonucléotide]]s au sein de Cetus Corporation, petite entreprise de biotechnologies californienne.
Officiellement reconnu comme père de la PCR, il reçoit en 1993, à {{nombre|48|ans}}, le prix Nobel de chimie, « pour sa contribution au développement des méthodes pour la chimie de l'ADN et pour son invention de la PCR »<ref>https://www.industrie-techno.com/article/1983-il-invente-la-pcr.16884</ref>.
Au début des années 1990 la PCR évolue avec l'invention de la PCR en temps réel par Russell Higuchi et de la Q-PCR (Quantitative polymerase chain reaction) qui permet de réaliser des mesures quantitatives.

==== PCR pour la Covid-19 ====
L'un des premiers tests par RT-PCR, est développé à [[Hôpital universitaire de la Charité de Berlin|La Charité]] à Berlin en {{date-|janvier 2020}} en utilisant la [[PCR quantitative]] et a formé la base de {{unité|250000|kits}} que l'[[Organisation mondiale de la santé|OMS]] distribue<ref>{{Article |langue=en |auteur1=Cormac Sheridan |titre=Coronavirus and the race to distribute reliable diagnostics |périodique={{langue|en|[[Nature Biotechnology]]}} |date=2020-02-19 |issn=1087-0156 |issn2=1546-1696 |doi=10.1038/d41587-020-00002-2 |lire en ligne=http://www.nature.com/articles/d41587-020-00002-2 |consulté le=2020-03-03 |pages=d41587–020–00002-2}}.</ref>. Le {{date-|2 mars 2020-}}, l'OMS diffuse un protocole-type établi par l'[[institut Pasteur]] de Paris<ref>{{Lien web |langue=en |format=pdf |auteur=Institut Pasteur, Paris |titre=Protocol: Real-time RT-PCR assays for the detection of SARS-CoV-2 |url=https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/real-time-rt-pcr-assays-for-the-detection-of-sars-cov-2-institut-pasteur-paris.pdf?sfvrsn=3662fcb6_2 |éditeur=[[Organisation mondiale de la santé|OMS]] |date=2 mars 2020}}.</ref>. D'après une étude coréenne, ce dernier test aurait une [[Sensibilité et spécificité|sensibilité]] inférieure à la détection du gène N<ref>{{Article |prénom1=Soyoun |nom1=Kim |prénom2=Dong-Min |nom2=Kim |prénom3=Baeckseung |nom3=Lee |titre=Insufficient Sensitivity of RNA Dependent RNA Polymerase Gene of SARS-CoV-2 Viral Genome as Confirmatory Test using Korean COVID-19 Cases |périodique=[[preprints.org]]<!-- Wikidata : Q96727876 --> (prépublication) |date=28 février 2020 |doi=10.20944/preprints202002.0424.v1 |lire en ligne=https://www.preprints.org/manuscript/202002.0424/v1}}.</ref>.

La [[Sensibilité et spécificité|sensibilité]] de ce type de test est évaluée de 50 à 60 % et la [[Sensibilité et spécificité|spécificité]] est assez mauvaise à 75 %, contre 99 % et 98 % pour les tests PCR multiplex<ref name="sensitivity">{{Article |titre=High sensitivity detection of coronavirus SARS-CoV-2 using multiplex PCR and a multiplex-PCR-based metagenomic method, p 3/28 |périodique=[[BioRxiv|biorxiv]] |jour=19 |mois=03 |année=2020 |lire en ligne=https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.03.12.988246v2.abstract}}.</ref>, qui ne sont pas encore utilisés au début du mois de {{date|mai 2020}}.

La société sud-coréenne Kogenebiotech<ref>{{mul|ko|en}} [http://www.kogene.co.kr/eng/index.php Kogenebiotech].</ref> a annoncé le {{date-|11|février|2020}}<ref>{{Lien web |langue=en |titre=[NEWS/genomeweb] The 1st kit 'PowerChek™ 2019-nCoV Real-time PCR Kit' for EUAL by KFDA & KCDC |url=http://www.kogene.co.kr/eng/about_us/news/listbody.php?h_gcode=board&h_code=7&page=&po_no=285 |éditeur=Kogene |date=11 février 2020}}.</ref> que son kit de détection PowerChek 2019-nCoV Real-time PCR Kit, qui cible le gène « E » partagé par tous les ''[[betacoronavirus]]'' et le gène [[ARN polymérase ARN-dépendante|RdRp]] spécifique du SARS-CoV-2<ref>{{Lien web |langue=en |titre=[New product] COVID-19 KIT |url=http://www.kogene.co.kr/eng/about_us/news/listbody.php?h_gcode=board&h_code=7&po_no=288 |éditeur=Kogene |date=27 février 2020}}.</ref>, avait reçu une {{Lien|langue=en|trad=Emergency Use Authorization|fr=autorisation d'utilisation en urgence}} de la part des autorités coréennes et américaines.

D'autres sociétés comme Seegene<ref>{{en}} [http://www.seegene.com/ Seegene] - Site officiel.</ref> et Solgent<ref>{{mul|ko|en}} [http://www.solgent.com/ Solgent] - Site officiel.</ref> ont également développé en {{date-|février 2020}} leurs versions de kits de détection de qualité clinique appelés « DiaPlexQ » et « Allplex 2019-nCoV Assay » respectivement.

Aux États-Unis, les [[Centres pour le contrôle et la prévention des maladies|{{langue|en|Centers for Disease Control}}]] distribuent le test de diagnostic CDC 2019-Novel Coronavirus (2019-nCoV) Real-Time RT-PCR aux laboratoires de santé publique<ref>{{Lien web |langue=en |titre=Information about Emergency Use Authorization for 2019 Novel Coronavirus (2019-nCoV) Real-Time RT-PCR Diagnostic Panel |url=https://www.cdc.gov/csels/dls/locs/2020/information_about_emergency_use_authorization_for_2019_novel_coronavirus_real_time_rt-pcr_diagnostic_panel.html |éditeur=[[Centres pour le contrôle et la prévention des maladies|CDC]] |date=13 février 2020}}.</ref>. Dans les premières versions, un test génétique sur trois avait donné des résultats non concluants au CDC d'Atlanta ; les tests plus récents utilisant deux composants ont été jugés fiables le {{date-|28 février 2020}}, permettant aux laboratoires nationaux et locaux d'accomplir rapidement les tests<ref>{{Lien web |langue=en |titre=Transcript for the CDC Telebriefing Update on COVID-19 |url=https://www.cdc.gov/media/releases/2020/t0228-COVID-19-update.html |éditeur=[[Centres pour le contrôle et la prévention des maladies|CDC]] |date=8 février 2020}}.</ref> : ce test a été approuvé par la {{langue|en|[[Food and Drug Administration]]}} (FDA) en vertu d'une autorisation d'utilisation en urgence.

L'[[université des sciences et technologies de Hong Kong]] a proposé début février un test RT-PCR [[microfluidique]] très rapide<ref>{{Lien web |langue=en |titre=HKUST Research Team Invents World’s Fastest Coronavirus Detection Device Offering Diagnostic Results in {{nobr|40 Minutes}} |url=https://www.ust.hk/news/research-and-innovation/hkust-research-team-invents-worlds-fastest-coronavirus-detection |éditeur={{langue|en|The Hong Kong University of Science and Technology}} |consulté le=2020-03-04}}.</ref>.

Au {{date-|4 mars 2020}}, l'{{abréviation discrète|OMS|Organisation mondiale de la santé}} a répertorié les laboratoires de référence officiels et les protocoles de développement suivants<ref>{{Lien web |langue=en |titre=Laboratory guidance |url=https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/technical-guidance/laboratory-guidance |éditeur=[[Organisation mondiale de la santé|OMS]] |consulté le=2020-03-04}}.</ref> : 
{| class="wikitable alternance centre"
! scope=col|Pays 
! scope=col|Institut 
! scope=col|Cibles génétiques 
|-
| {{Allemagne}}
| [[Hôpital universitaire de la Charité de Berlin|Charité]]
| [[ARN polymérase ARN-dépendante|RdRp]], E, N 
|-
| {{Chine}}
| [[Centre chinois de contrôle et de prévention des maladies|CDC chinois]]
| [[Cadre de lecture ouvert|ORF]] 1ab et [[nucléoprotéine]] (N) 
|-
| {{USA}}
| [[Centres pour le contrôle et la prévention des maladies|CDC américain]]
| Trois cibles dans le gène N 
|-
| {{France}}
| [[Institut Pasteur]], Paris
| Deux cibles dans le gène [[ARN polymérase ARN-dépendante|RdRp]], E
|-
| {{Hong Kong}}
| [[Université de Hong Kong|HKU]]
| ORF1b-nsp14, N 
|-
| {{Japon}}
| Institut national des maladies infectieuses 
| Protéine ''{{langue|en|Spike}}'' ([[Péplomère]]) 
|-
| {{Thaïlande}}
| Institut national de la santé 
| N 
|}

Le {{date-|7 avril 2020}}, l'OMS publie la liste des {{nombre|2|premiers}} tests RT-PCR utilisables en cas d'urgence : il s'agit des tests ''{{langue|en|genesig Real-Time PCR Coronavirus (COVID-19)}}'' de Primerdesign, division de [[Novacyt]], Grande-Bretagne, et ''cobas SARS-CoV-2'' utilisable sur ''{{langue|en|cobas 6800/8800 Systems}}'', de [[Roche (entreprise)|Roche]], États-Unis<ref>{{Lien web |lang=en |titre=WHO lists two COVID-19 tests for emergency use |url=https://www.who.int/news/item/07-04-2020-who-lists-two-covid-19-tests-for-emergency-use |date=7 avril 2020}}.</ref>. Cette liste est ensuite complétée pour atteindre {{nombre|21|tests}} fin {{date-|septembre 2020}}<ref>{{Lien web |lang=en |titre=WHO Emergency Use Listing for In vitro diagnostics (IVDs) Detecting SARS-CoV-2 |url=https://www.who.int/diagnostics_laboratory/200922_eul_sars_cov2_product_list.pdf?ua=1 |format=pdf |site=[[Organisation mondiale de la santé|OMS]] |date=22 septembre 2020}}.</ref>.

==== Production des kits de test RT-PCR ====
Dès le mois de janvier, tous les fabricants potentiels se sont lancés dans une bataille pour produire les kits de tests RT-PCR : lutte contre le temps pour juguler l'épidémie et lutte commerciale pour ne pas rester à l'écart d'une demande explosive.

Au {{date-|17 avril 2020}}, le site {{lien|lang=en|trad=Foundation for Innovative New Diagnostics|texte=FINDDX}}<ref>{{Lien web |langue=en-US |titre=SARS-CoV-2 diagnostic pipeline |url=https://www.finddx.org/covid-19/pipeline/ |site={{lien|lang=en|trad=Foundation for Innovative New Diagnostics|texte=FIND}} |consulté le=2020-04-17}}.</ref> recense plus de {{nombre|500|tests}} destinés au diagnostic du SARS-CoV-2, dont 428 commercialisés et 85 en développement. Dans les tests commercialisés, 223 sont des tests virologiques, essentiellement selon la méthode RT-PCR.

Pour la France, le ministère de la Santé publie la liste des réactifs de diagnostic par RT-PCR du SARS-CoV-2<ref>{{Lien web |titre=Liste des réactifs de diagnostic |url=https://solidarites-sante.gouv.fr/IMG/pdf/liste-reactifs-diagnostic-rt-pcr.pdf |format=pdf |site=solidarites-sante.gouv.fr }}.</ref>. À la date du {{date-|3 avril}}, cette liste recense {{nombre|7|tests}} validés par le CNR (Centre national de référence) et {{nombre|32|tests}} marqués CE.

La disponibilité effective des réactifs est un point critique dans la politique de dépistage mise en place dans chaque pays. En mars et avril, il y a peu d'informations sur les nombres de kits de test disponibles, soit du côté des fabricants : capacité de production et quantité produite, soit du côté des pays : quantité commandée, quantité livrée et quantité utilisée.

En plus des kits de réactifs nécessaires, il faut aussi disposer de kits de prélèvement. Bien qu'ils soient beaucoup plus simples à fabriquer, les médias ont rapporté des pénuries de kits de prélèvement dans certains pays.

==== Fiabilité des tests RT-PCR ====
[[File:Test rhino pharyngé (décembre 2020).jpg|vignette|Document du résultat du test antigénique rhino pharyngé COVID-19 remis au patient ({{date-|décembre 2020}}).]]
La fiabilité des tests RT-PCR fut souvent mise en doute. Cette mauvaise fiabilité apparente recouvre plusieurs sujets, les uns liés à l'analyse RT-PCR, d'autres liés à l'évolution de la maladie chez un patient, d'autres enfin liés aux procédures de mise en œuvre.

Concernant la méthode RT-PCR, c'est une méthode qui pour certains n'aurait pas intrinsèquement une excellente fiabilité. En effet, il y a, par exemple, pour le Sars-Cov2 de nombreuses et constantes mutations du virus, qui peuvent le rendre moins détectable. Pour certains, la sensibilité serait mauvaise<ref name="role">{{Article |lang=en |titre=The role of imaging in 2019 novel coronavirus pneumonia (COVID-19) |périodique={{lien|lang=en|trad=European Radiology|texte={{langue|en|European radiology}}}} |jour=15 |mois=04 |année=2020 |lire en ligne=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7156903/}}.</ref>{{,}}<ref name="sensitivity" /> (la plus faible en moyenne parmi tous les types de tests), la spécificité (la capacité à détecter le virus recherché et pas autre chose) assez bonne. Pour d'autres, les tests remonteraient beaucoup trop de faux positifs à cause d'une valeur utilisée du Ct (''{{langue|en|cycle threshold}}'') trop élevée, et ne donneraient pas d'indication sur la contagiosité, contrairement aux tests quantitatifs RT-PCR<ref>{{Article |langue=fr |titre=Les tests RT-PCR du Covid-19 se révèlent être de très mauvais tests de contagiosité |périodique=usine nouvelle<!-- [[L'Usine nouvelle]] ou autre lien ? --> |date=01/09/2020 |lire en ligne=https://www.industrie-techno.com/article/les-tests-rt-pcr-du-covid-19-se-revelent-etre-de-tres-mauvais-tests-de-contagiosite.61389}}.</ref>{{,}}<ref name="threshold">{{Lien web |langue=en |titre=COVID Diagnosis with PCR  Misinterpreting results  Cycle threshold explained |url=https://www.youtube.com/watch?v=S_1Z8cSXI-Q |site=YouTube |date=19/9/2020}}.</ref>{{,}}<ref name="Singanayagam">{{Article |langue=en |prénom1=Anika |nom1=Singanayagam |prénom2=Monika |nom2=Patel |prénom3=Andre |nom3=Charlett |prénom4=Jamie Lopez |nom4=Bernal |titre=Duration of infectiousness and correlation with RT-PCR cycle threshold values in cases of COVID-19, England, January to May 2020 |périodique={{lien|lang=en|trad=Eurosurveillance}} |volume=25 |numéro=32 |date=2020-08-13 |issn=1560-7917 |pmid=32794447 |pmcid=PMC7427302 |doi=10.2807/1560-7917.ES.2020.25.32.2001483 |lire en ligne=https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.32.2001483 |consulté le=2020-11-22 |pages=2001483}}.</ref>{{,}}<ref>{{Lien web |langue=fr |prénom=Emma |nom=Donada |titre=Covid-19 : le nombre de cycles retenus en Allemagne pour les tests RT-PCR est-il moins élevé qu'en France ? |url=https://www.liberation.fr/checknews/2020/11/09/covid-19-le-nombre-de-cycles-retenus-en-allemagne-pour-les-tests-rt-pcr-est-il-moins-eleve-qu-en-fra_1804789 |site=[[Libération (journal)|Libération.fr]] |date=2020-11-09 |consulté le=2020-11-22}}.</ref>{{,}}<ref name="peggiesue">{{Article |titre=Avis {{n°|8}} : Se préparer maintenant pour anticiper un retour du virus à l’automne, p31/42 |périodique=[[conseil scientifique]]<!-- ou autre lien ? --> |date=27/07/2020 |lire en ligne=https://solidarites-sante.gouv.fr/IMG/pdf/avis_conseil_scientifique_27_juillet_2020.pdf |format=pdf}}.</ref>.
On a par ailleurs constaté aussi des défaillances dans les procédures et les réactifs destinés au diagnostic du SARS-CoV-2. En {{date-|février 2020}}, le CDC des États-Unis a décidé de ne pas utiliser les tests mis au point internationalement et de développer son propre test qui s'est révélé défectueux ; en mars et avril, des millions de kits livrés par la Chine se sont révélés défectueux en Espagne, République tchèque, Slovaquie, Turquie et Royaume-Uni.

En France, la validation de chaque kit de réactifs est réalisé par le Centre national de référence (CNR) grâce à une souche virale unique et en utilisant la procédure et l'équipement d'analyse spécifiés par le fabricant.

Sources de faux positifs apparents ou réels :

* réactifs ou procédure incorrecte ou mauvaise sélectivité : le test détecte autre chose que le SARS-CoV-2 ;
* contamination croisée durant le prélèvement ou durant l'analyse ;
* erreur d'identification du patient, notamment lorsque la procédure n'assure pas une traçabilité automatique par code barre depuis le prélèvement jusqu'à la délivrance du résultat.

Source de faux négatifs apparents ou réels :

* réactifs ou procédure incorrecte ; le test ne détecte pas suffisamment le SARS-CoV-2 ;
* mutation du virus ; certains réactifs pourraient être mis en défaut ; c'est théoriquement possible, mais pas encore signalé pour le SARS-CoV-2 ;
* mauvais prélèvement ; le virus est présent, mais le prélèvement a récolté trop peu de virus ; en particulier, on a vu des cas où le prélèvement est réalisé par le patient, ce qui risque d'être insuffisant, car le prélèvement est très désagréable ;
* début de l'infection ; la charge virale est encore faible ;
* évolution de l'infection (le cas le plus fréquent) ; après quelques jours de symptômes, la charge virale dans les voies respiratoires supérieures a fortement diminué, bien que le virus soit présent dans l'organisme. Il faut faire des prélèvements dans les voies respiratoires basses, ou dans les selles. C'est la principale cause de « faux négatifs ». Techniquement, il ne s'agit pas d'un faux négatif, car il n'y a plus de virus présent, mais médicalement, le test étant négatif et la maladie présente, on peut l'appeler faux négatif. Cette précision subtile permet de comprendre les discordances importantes sur les taux de sensibilité rapportés ;
* erreur d'identification du patient ;
* erreur du système informatique ; par exemple, l'Irlande a rapporté la situation où des tests revenus avec le statut {{Citation|invalide/indéterminé}} ont été classés {{Citation|négatifs}} parce que le logiciel utilisé ne connaissait que {{Citation|positif ou négatif}}<ref>{{Lien web |langue=en |prénom=Michelle |nom=Hennessy |titre=Explainer: Why our positive Covid-19 numbers from Irish labs and those from a German lab are reported separately |url=https://www.thejournal.ie/german-lab-numbers-coronavirus-5074153-Apr2020/ |site={{lien|lang=en|trad=TheJournal.ie}} |consulté le=2020-04-19}}.</ref>.

Pour la recherche : l'analyse RT-PCR est une méthode de référence pour les recherches sur le coronavirus, par exemple pour l'étude de la persistance. Dans ce contexte, elle présente un défaut sérieux ; l'analyse RT-PCR permet de détecter des traces même très faibles de l'ARN du coronavirus, mais elle ne prouve pas que l'on est en présence de virions capables d'infecter une cellule. C'est une source de controverses sur certaines études publiées.

==== Organisation pratique des tests RT-PCR ====
{{à internationaliser|date=septembre 2020}}
[[Fichier:Test PCR dépistage SARS-CoV-2 prélèvement nasal Strasbourg 21 août 2020.jpg|vignette|Test PCR de dépistage du SARS-CoV-2 par prélèvement nasal à Strasbourg le {{date-|21 août 2020}}.]]
Les tests PCR sont bien connus et couramment utilisés pour rechercher des virus humains, animaux ou végétaux. Toutefois, la méthode est assez sophistiquée et n'est pas disponible dans les laboratoires de ville{{Référence nécessaire}} ou les hôpitaux simples. L'organisation actuelle pour la réalisation des tests PCR est fondée sur des plateaux techniques disposant des installations et des machines d'analyse ; ces plateaux techniques existent dans des laboratoires publics associés aux CHU ou dans des laboratoires privés qui fédèrent quelques dizaines ou quelques centaines de laboratoires de ville. En France, il y a environ {{nombre|120|plateaux}} techniques équipés face aux {{nombre|3700|laboratoires}} de biologie médicale (source [[Institut national de la statistique et des études économiques|INSEE]]){{référence souhaitée}}<!-- lien si possible -->.

Le déroulement d'un test RT-PCR pour diagnostic du SARS-CoV-2 se fait en quatre phases :

# Prélèvement - Identification du patient, [[prélèvement nasopharyngé]] avec un [[Écouvillon (outil)|écouvillon]]{{note|Tige de prélèvement, ressemblant à un [[coton-tige]].}} (à ne pas confondre avec le prélèvement nasal, moins profond, utilisé pour certains tests antigéniques<ref name="TestsAntigeniques">{{lien web|url=https://www.linternaute.com/actualite/guide-vie-quotidienne/2546108-test-covid-antigenique-pharmacie-pass-sanitaire-comment-et-ou-le-faire/ |titre=Test Covid antigénique : pharmacie, pass sanitaire… Comment et où le faire ? |site=[[L'Internaute|linternaute.com]] }}.</ref>) ou prélèvement oropharyngé avec un écouvillon par la bouche jusqu’à l’arrière-gorge (oropharynx)<ref name="DifferentsTests">{{lien web|url=https://www.cerballiance.fr/fr/blog/actualites/les-prelevements-covid-19 |titre=Les prélèvements Covid-19 |site=carballiance.fr }}.</ref> ou prélèvement salivaire au moins {{nombre|30|minutes}} après avoir mangé et bu (en crachant dans un tube ou prélevé sous la langue soit en plaçant un écouvillon pendant une minute, soit avec une pipette)<ref>{{lien web|url=https://www.labodefrance.com/ecole-test-salivaire/ |titre=École – Test salivaire |site=labodefrance.com }}.</ref>{{,}}<ref>{{lien web|url=https://www.service-public.fr/particuliers/actualites/A14665 |titre=Tests salivaires : leur utilisation est élargie au dépistage à grande échelle |site=[[service-public.fr]]}}.</ref>, puis conditionnement de l'échantillon sous triple emballage. Ce prélèvement peut être fait par les laboratoires de ville, les services des hôpitaux, ou même les médecins de ville, à condition de disposer du kit de prélèvement. Certaines procédures prévoient de prendre deux échantillons pour chaque prélèvement. Durée : {{nombre|5|à=15|minutes}}. À partir de la mi-{{date-|février 2021}}, on autorise des prélèvements par la salive mais ceux-ci sont en 2021 limités à des contextes très précis : milieux-scolaires ou médicalisés et assez peu diffusés devant la réticence des laboratoires<ref>{{Lien web |langue=fr-FR |titre=Covid : les prélèvements salivaires, quand et pour qui ? |url=https://france3-regions.francetvinfo.fr/occitanie/haute-garonne/toulouse/covid-les-prelevements-salivaires-quand-et-pour-qui-1954147.html |site=[[France 3 Occitanie|{{nobr|France 3}} Occitanie]] |consulté le=2021-03-23}}.</ref>.
# Collecte et transport - Chaque plateau technique possède une organisation de collecte et de transport pour les laboratoires affiliés ; les entreprises spécialisées dans cette activité font la tournée des points de prélèvement et assurent le transport avec les précautions sanitaires adéquates ; notamment pour le SARS-CoV-2, les échantillons doivent être conservés à {{tmp|4|°C}}. Durée pour la collecte et le transport : typiquement un demi-jour à un jour, éventuellement plus rapide si le prélèvement est à proximité du plateau d'analyse.
# Analyse - L'analyse PCR est faite au moyen d'un [[thermocycleur]]. Il existe de nombreux types d'appareils correspondant à des usages différents ; ces appareils étant plus ou moins automatisés ; pour l'analyse en masse, les thermocycleurs travaillent par lot de {{nombre|64|échantillons}} et peuvent analyser jusqu'à {{nombre|1000|à=3000|échantillons}} par {{nombre|24|h}} (valeur théorique à condition que toute la chaîne suive le rythme). Durée : quel que soit l'appareil d'analyse RT-PCR, il faut compter {{nombre|3|à=4|heures}} pour faire l'analyse (préparation, cyclage et lecture du résultat).
# Résultats - La délivrance du résultat au demandeur est faite par voie électronique, donc assez rapide.

En pratique, un test RT-PCR prend {{nombre|{{fraction|1|2}}|jour}} à {{nombre|2|jours}}. Dans les médias, la durée du test complet est souvent confondue avec la durée du prélèvement qui en est la partie visible. Certains états (Irlande, Californie) rapportent des situations où il faut une à deux semaines pour obtenir le résultat car la quantité de prélèvements réalisés est largement supérieure aux capacités d'analyse.

Cette organisation est en place en France et fonctionne correctement lorsqu'il s'agit de traiter quelques dizaines ou quelques centaines d'échantillons par jour. Pour augmenter massivement le nombre d'échantillons traités par jour, les difficultés viennent du nombre de kits de prélèvement et de réactif et du nombre de machines d'analyse disponibles, mais aussi du manque de personnel qualifié lorsque l'analyse est semi-automatique, du fait qu'un kit de réactif est validé pour un type de machine {{incise|ce qui complique l'approvisionnement}}, et du fait que les laboratoires sont équipés de nombreux logiciels différents et que les formats de transferts de données ne sont pas unifiés - ce qui complique la réorganisation des réseaux de laboratoires. Depuis le {{date-|25 juillet 2020}}, les tests PCR sont pris en charge à 100 % par la sécurité sociale, sans ordonnance.

=== Test multiparamétriques – acide nucléique ===
Le test d'analyse [[métagénomique]] ''Explify Respiratory'' d'[[IDbyDNA]] identifie en moins d'une heure plus de 900 agents pathogènes respiratoires, dont le SARS-CoV-2. Le délai d'exécution, entre la réception de l'échantillon et le résultat du test est de {{nombre|36|heures}}. Il est plus cher que les tests RT-PCR<ref>{{Article |langue=en |prénom1=Cormac |nom1=Sheridan |titre=Coronavirus and the race to distribute reliable diagnostics |périodique=Nature Biotechnology |date=2020-02-19 |issn=1087-0156 |issn2=1546-1696 |doi=10.1038/d41587-020-00002-2 |lire en ligne=http://www.nature.com/articles/d41587-020-00002-2 |consulté le=2020-03-04 |pages=d41587–020–00002-2}}.</ref>.

=== Tests dits {{Citation|antigéniques}}: recherche d'antigènes ===
{{Article principal|Immunochromatographie}}
[[File:Affichette tests antigéniques Strasbourg 31 décembre 2020.jpg|thumb|Affichette pour des tests antigéniques à Strasbourg le 31 décembre 2020]]
Ces tests (appelés [[:en:lateral flow test|lateral flow test]]s en anglais) donnent un résultat en {{nombre|15|minutes}} à {{nombre|30|minutes}}, et sont fondés sur la recherche d'[[antigène]]s du virus<ref>{{Lien web |auteur institutionnel=Assurance maladie |titre=Les tests antigéniques du Covid-19 |url=https://www.ameli.fr/assure/covid-19/les-tests-de-depistage-du-covid-19/les-tests-antigeniques-du-covid-19 |site=[[Assurance maladie]] |date=28 février 2023 |consulté le=19 mars 2023}}</ref>. Les premiers test arrivés sur le marché avaient, en juin 2020, une [[Sensibilité et spécificité|sensibilité]] assez modeste (60,2 %) et une très bonne [[Sensibilité et spécificité|spécificité]] (99,2 %). Leurs successeurs, dès l'automne 2020, offrent des sensibilités et spécificités supérieures à 95 %<ref>{{Lien web |langue=fr |titre=Mise à jour de la stratégie de test, octobre 2020 - utilisation de tests salivaires et de tests antigènes rapides |url=https://covid-19.sciensano.be/sites/default/files/Covid19/20201012_Advice%20RAG_testing_update%20October_Fr.pdf |site=Page 12 : sensibilité, spécificité des tests antigéniques.}}.</ref>. Les capacités de production sont cependant, au début de l'été 2020, faibles<ref>{{Article |titre=Positif au Covid-19 donc immunisé contre la maladie? On vous explique pourquoi ce n'est pas si simple |périodique=Le Soir |jour=25 |mois=03 |année=2020 |lire en ligne=https://plus.lesoir.be/290067/article/2020-03-25/coronavirus-10000-tests-de-depistage-quotidiens-bientot-en-belgique}}.</ref>{{,}}<ref>{{Article |langue=en |titre=Developing antibody tests for SARS-CoV-2, p1/2 |périodique=Lancet |jour=25 |mois=03 |année=2020 |lire en ligne=https://www.thelancet.com/pdfs/journals/lancet/PIIS0140-6736(20)30788-1.pdf}}.</ref> en comparaison des besoins pour opérer un déconfinement<ref>{{Article |titre=Une levée du confinement sans mesures strictes de tests et d’isolement serait inefficace, selon une étude de l’Inserm |périodique=Le Mondes |jour=12 |mois=04 |année=2020 |lire en ligne=https://www.lemonde.fr/planete/article/2020/04/12/une-levee-du-confinement-sans-mesures-strictes-de-tests-et-d-isolements-serait-inefficace-selon-une-etude-de-l-inserm_6036401_3244.html}}.</ref> de la population dans les conditions les meilleures.
Contrairement à ce qui est rapporté par de nombreux médias la sensibilité du test majoritairement disponible en France<ref>{{Article |langue=fr |titre=L'américain Abbott rafle la mise des tests antigéniques Covid-19 en France |périodique=Usine nouvelle |date=30/10/2020 |lire en ligne=https://www.usinenouvelle.com/editorial/exclusif-l-americain-abbott-rafle-la-mise-des-tests-antigeniques-covid-19-en-france.N1022644}}</ref> (Abbott), de 93 %<ref>{{Lien web |langue=fr |titre=Has Revue rapide sur les tests dedétection antigénique du virusSARS-CoV-2, p 6/42 |url=https://www.has-sante.fr/upload/docs/application/pdf/2020-10/synthese_tests_antigeniques_vd.pdf |site=Has |date=8/10/20}}</ref> pourrait sembler meilleure que celle des tests PCR<ref>{{Lien web |langue=fr-CH |nom=Netgen |titre=Performance du frottis nasopharyngé-PCR pour le diagnostic du Covid-19. Recommandations pratiques sur la base des premières données scientifiques |url=https://www.revmed.ch/RMS/2020/RMS-N-689/Performance-du-frottis-nasopharynge-PCR-pour-le-diagnostic-du-Covid-19.-Recommandations-pratiques-sur-la-base-des-premieres-donnees-scientifiques#:~:text=La%20performance%20du%20frottis%20nasopharyng%C3%A9,dans%20la%20majorit%C3%A9%20des%20situations. |site=Revue Médicale Suisse |consulté le=2020-11-03}}</ref>.

Il existe trois tests antigéniques autorisés en France : le test antigénique nasopharyngé (réalisé par des professionnels), le test antigénique nasal (réalisé par des professionnels) et l'auto-test antigénique nasal (réalisé par la personne elle-même) qui peut être supervisé par un professionnel pour l'obtention du [[Passe vaccinal français|pass sanitaire]]. Les tests par prélèvement nasal au lieu de nasopharyngé sont moins profonds<ref name="TestsAntigeniques" />{{,}}<ref name="AutoTest">{{lien web|url=https://www.20minutes.fr/sante/3100627-20210810-obtenir-pass-sanitaire-autotest-desormais-possible-facile|titre=Obtenir son pass sanitaire avec un autotest est désormais possible, mais est-ce facile?}}</ref>. Il existe également des tests antigéniques salivaires mais qui ne sont plus remboursés car pas assez fiables, contrairement aux tests PCR salivaires<ref name="TestSalivaire">{{lien web|url=https://www.lci.fr/sante/covid-19-coronavirus-pandemie-les-tests-salivaires-rapides-ne-sont-pas-assez-fiables-juge-la-haute-autorite-de-sante-2192607.html|titre=Les tests salivaires rapides ne sont pas assez fiables, juge la Haute autorité de Santé}}</ref>.

=== Tests sérologiques : recherche d'anticorps ===
Un test sérologique détecte la présence d'[[anticorps]] de classe [[IgG]] ou [[IgM]] développés à la suite d'une infection par le coronavirus 2019 (de cinq jours après jusqu'à plusieurs mois après), dans le [[sang]]. Comme pour les tests RT-PCR, l'intérêt du test dépend de l'antigène détecté. Des tests rapides (échantillon à l'unité en 15 à {{nombre|30|minutes}}) et en format microplate ELISA (pour les laboratoires, pour 50 à 100 échantillons en deux heures) ont été rendus disponibles tôt durant l'épidémie mais ont été peu utilisés, car s'ils ont une très bonne [[Sensibilité et spécificité|spécificité]] (100 %), la sensibilité maximale est de 70 % (après {{nombre|10|jours}} d'incubation) et ils ne détectent pas d'anticorps durant les 5 à 7 premiers jours d'incubation<ref>{{Article |titre=Avec ses tests sérologiques rapides, le Français NG Biotech se démarque dans la course à la fiabilité |périodique=Industrie Techno |jour=08 |mois=04 |année=2020 |lire en ligne=https://www.industrie-techno.com/article/covid-19-avec-ses-tests-serologiques-rapides-le-francais-ng-biotech-se-demarque-dans-la-course-a-la-fiabilite.60091}}.</ref>. La sensibilité peut aussi être encore un peu plus faible dans la population la plus âgée, en raison du phénomène d'[[immunosénescence]]. Ils ne semblent pas pouvoir être utilisés seuls pour faire du dépistage<ref name="stratdouble">{{Article |titre=Covid-19 : comment une stratégie de doubles tests permettrait de sortir du confinement et de relancer l’économie |périodique=Santé magazine |jour=20 |mois=04 |année=2020 |lire en ligne=https://www.santemagazine.fr/sante/examens-medicaux/analyses/covid-19-comment-une-strategie-de-doubles-tests-permettrait-de-sortir-du-confinement-et-de-relancer-leconomie-433601}}.</ref>, leur intérêt principal étant pour le suivi épidémiologique : 
[[File:Test sérologique (janvier 2021).jpg|thumb|Document du test sérologique COVID 19 remis au patient (janvier 2021)]]

Les tests sérologiques permettent aux [[épidémiologiste]]s et aux décideurs publics de connaitre la part de la [[population générale]] qui a été réellement été infectée depuis le début de la pandémie, d'évaluer le nombre de cas asymptomatiques et de préciser le coefficient de contamination <math>R_0</math> de l'épidémie<ref name="LancetPetherickAvril2020">{{Article |langue=en |prénom1=Anna |nom1=Petherick |titre=Developing antibody tests for SARS-CoV-2 |périodique=The Lancet |volume=395 |numéro=10230 |date=2020-04 |doi=10.1016/S0140-6736(20)30788-1 |lire en ligne=https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0140673620307881 |consulté le=2020-04-03 |pages=1101–1102}}.</ref>. Début {{date-|avril 2020}}, personne ne connait encore ce nombre réel d'asymptomatiques, ni le rôle exact des enfants infectés mais asymptomatiques (à éclaircir avant la réouverture les écoles)<ref name=LancetPetherickAvril2020/>. Finalement, ces tests confortent la compréhension épidémiologique de [[Maladie à coronavirus 2019|Covid-19]] apportées par des études étrangères sur des bases cliniques, et sont surtout un élément clé pour statuer de la réponse à la pandémie d'une population donnée<ref name="LancetPetherickAvril2020" />.

Lors d'essais cliniques d'un vaccin, ils permettent de vérifier que le vaccin fonctionne réellement (immunise).

Ils peuvent aussi aider à rechercher rétrospectivement après des semaines ou mois s'il y eut une infection chez un individu (infection suspectée, enquête de contact d'un infecté), et mesurer l'exposition rétrospective d'un groupe.

'''Historique :''' la conception de ces tests est facile techniquement, mais la valeur du test repose sur le choix de l'antigène détecté ce qui dépend de la compréhension croissante de la manière dont l'{{Citation|enrobage viral}} ([[capside]]) déclenche la reconnaissance et la neutralisation du virus par un système immunitaire sain<ref name="LancetPetherickAvril2020" />. Depuis avril 2020, de nombreux laboratoires et entreprises de diagnostic sont en compétition pour les produire en masse, car la plupart des gouvernements vont les acheter par millions, pour leurs contrôles, et pour les particuliers. Sous l'égide de l'OMS et {{Citation|avec leurs régulateurs nationaux, les gouvernements doivent trouver un équilibre entre l'urgence et les préoccupations quotidiennes de sensibilité et de spécificité qui s'appliquent à tout nouveau diagnostic médical}}<ref name=LancetPetherickAvril2020/>.

Un malade ayant été infecté par la Covid-19 est probablement immunisé pour des mois ou années (ce qui reste à confirmer). Sur la base de cette forte probabilité, face à l'urgence de {{Citation|ramener les gens au travail et de rouvrir les frontières - et ceux dont l'immunité peut être démontrée pourraient reprendre le travail sans risque}} et face à une pénurie d'agents de santé un tel test peut montrer qu'un agent de santé pourrait à moindre risque ou sans risque retourner au travail ; certaines autorités ont décidé exceptionnellement d'alléger leurs critères d'évaluation, depuis mi-mars pour la [[Food and Drug Administration|FDA]]<ref name=LancetPetherickAvril2020/>.

'''Nota''' : 
# un [[test immunologique]] analyse un échantillon de [[Sérum|sérum sanguin]] ; il peut être positif bien après la guérison, alors que le virus n'est plus présent, mais lors de la période d'incubation ce test est beaucoup moins sensible qu'un test PCRn et négatif les premiers {{nombre|6|jours}} en moyenne dans le cas du [[SARS-CoV-2]]; il n'évalue donc non pas l'infection virale présente, mais l'immunité au virus<ref>{{Article |auteur1=Agence pour une vie de qualité |titre=Parvovirus B19, p2/18 |périodique=Journal des femmes |année=2020 |lire en ligne=https://www.wiv-isp.be/matra/Fiches/Parvovirus.pdf}}.</ref>. S'il était utilisé dans le but de détection en sortie d'une période de confinement, il est susceptible de ne pas détecter tous les profils contaminés car sa [[Sensibilité et spécificité|sensibilité]] n'est que de 70 % pendant les 10 premiers jours de l'infection<ref>{{Article |langue=en |titre=Fast, portable tests come online to curb coronavirus pandemic |périodique=Nature |jour=23 |mois=03 |année=2020 |lire en ligne=https://www.nature.com/articles/d41587-020-00010-2}}.</ref>.
# Il conviendra de faire attention en cas de thérapie par transfert de plasma de personnes infectées et guéries (immunisation passive): dans ce cas le test sera positif, c'est-à-dire indiquera que la personne a au moment du test les anticorps recherchés, sans préciser que l'infection a été (déjà) jugulée, et si l'immunité n'est que brièvement apportée par le traitement ou acquise {{Référence nécessaire}}.
'''Tests immunologiques disponibles :'''
* Le {{date-|17 février 2020}}, le premier test immunologique pour le [[SARS-CoV-2]] a été décrit en Chine par une équipe du [[Institut de virologie de Wuhan|Wuhan Institute of Virology]]<ref>{{Article |auteur1=Zhang |prénom1=Wei |auteur2=Du |prénom2=Rong-Hui |auteur3=Li |prénom3=Bei |auteur4=Zheng |prénom4=Xiao-Shuang |titre=Molecular and serological investigation of 2019-nCoV infected patients: implication of multiple shedding routes |périodique=Emerging Microbes & Infections |volume=9 |numéro=1 |date=2020-01-01 |pmid=32065057 |doi=10.1080/22221751.2020.1729071 |pages=386–389}}.</ref>{{,}}<ref name=":0">{{Lien web |langue=en |auteur=NormileFeb. 27 |prénom=Dennis |auteur2=2020 |auteur3=Pm |prénom3=4:30 |titre=Singapore claims first use of antibody test to track coronavirus infections |url=https://www.sciencemag.org/news/2020/02/singapore-claims-first-use-antibody-test-track-coronavirus-infections |site=Science {{!}} AAAS |date=2020-02-27 |consulté le=2020-03-02}}.</ref> ; Le premier test rapide a été créé par la société de biotechnologie franco-finlandaise Mobidiag (aidée à hauteur de {{nombre|25|millions}} d'euros par la [[banque européenne d'investissement]] en 2019)<ref>{{Lien web |langue=en-US |titre=Mobidiag - A complete solution for rapid diagnostics of coronavirus infection (voir mention en fin de la vidéo : the EIB provided 2( millions to Mobidiag in 2019) |url=https://mobidiag.com/products/coronavirus-1/ |site=Mobidiag |consulté le=2020-04-03}}.</ref> mais il est fabriqué par le groupe chinois ''Autobio Diagnostics'' (leader pour le diagnostic clinique en Chine) puis distribué par Mobidiag et des distributeurs locaux (sauf au Portugal, aux Pays-Bas et en Ukraine)<ref name=Modidiag2020/>. Ce premier immuno-test fonctionne via les deux plateformes ''Amplidiag'' et ''Novodiag'' de ; l'immunodosage de certains [[IgG]] et [[IgM]] dans le [[sérum]], le sang total ou le plasma prend environ {{nombre|15|minutes}}.

Mobidiag a ensuite créé deux tests moléculaires complémentaires (''Novodiag COVID-19 ''et'' Amplidiag COVID-19'')<ref name="Modidiag2020">{{Lien web |langue=en-US |titre=Mobidiag - A complete solution for rapid diagnostics of coronavirus infection |url=https://mobidiag.com/products/coronavirus-1/ |site=Mobidiag |consulté le=2020-04-03}}.</ref> ;
* Le {{date-|25 février 2020}}, une équipe de la {{lien|lang=en|trad=Duke–NUS Medical School|École de médecine Duke – NUS}} de Singapour a annoncé un autre test d'anticorps pour le [[SARS-CoV-2]], donnant un résultat en quelques jours<ref name=":0" />{{,}}<ref>{{Lien web |langue=en |titre=Duke-NUS used COVID-19 antibody tests to establish link between church clusters in a world-first |url=https://www.channelnewsasia.com/news/singapore/covid19-coronavirus-duke-nus-antibody-tests-12469184 |site=CNA |consulté le=2020-03-02}}.</ref>.
* Le {{date-|28 février 2020}}, une autre société sud-coréenne (PCL) a demandé l'homologation accélérée auprès du ministère de la Sécurité alimentaire et des médicaments de Corée du Sud d'un kit dit {{Citation étrangère|langue=en|COVID-19 Ag GICA Rapid}}, bien plus rapide qu'un kit de détection fondé sur la RT-PCR en temps réel ; PCL affirme que son kit pose un diagnostic en {{nombre|10|minutes}}.
D'autres sociétés<ref>{{Article |titre=Coronavirus: course à l'innovation dans les tests rapides de diagnostic |périodique=BfmTv |jour=01 |mois=04 |année=2020 |lire en ligne=https://www.bfmtv.com/economie/coronavirus-course-a-l-innovation-dans-les-tests-rapides-de-diagnostic-1885486.html}}.</ref>, à travers le monde, ont mis au point des tests dont l'entreprise Bretonne NG Biotech qui a remporté le marché français. Cependant cette Pme indique avoir une capacité de production mensuelle de {{nombre|500000|tests}} à partir du début mai<ref>{{Article |titre=Video |périodique=Sciences et Avenir Video |jour=09 |mois=04 |année=2020 |lire en ligne=https://www.sciencesetavenir.fr/sante/covid-19-les-allemands-vont-mesurer-leur-immunite_143302}}.</ref>, ce qui ne couvrira qu'une très petite partie des besoins qu'implique un dépistage massif lors d'un déconfinement.

=== Tests fondés sur l'enzyme Cas12 ===
Un procédé fondé sur l'enzyme cas12 permet en {{nombre|40|minutes}}, uniquement avec les réactifs du test de visualiser ou non la contamination. L'étude a porté sur 83 patients et donnerait une valeur prédictive positive de 95 % et négative de 100 %<ref>{{Article |titre=CRISPR–Cas12-based detection of SARS-CoV-2 |périodique=Nature |jour=16 |mois=04 |année=2020 |lire en ligne=https://www.nature.com/articles/s41587-020-0513-4}}.</ref>.

=== RT-LAMP ===
La ''reverse transcription loop-mediated isothermal amplification'' (amplification isotherme médiée par une boucle de transcription inverse), ou RT-LAMP, est une technique d'amplification d'acides nucléiques en une seule étape qui combine l'[[amplification isotherme médiée par les boucles]] (LAMP) et la [[Transcription (biologie)|transcription inverse]]. Les tests peuvent être effectués sans isolement de l'ARN, en détectant la présence du SARS-CoV-2 directement à partir d'écouvillons ou de salive<ref>{{Article |langue=zh |prénom1=Bin |nom1=Xiao |prénom2=Quan |nom2=Zhou |prénom3=Ting |nom3=Lei |prénom4=Yongyin |nom4=He |titre=[Application of laboratory diagnostic technologies for SARS-CoV-2: current progress and prospect] |périodique=Journal of Southern Medical University |volume=40 |numéro=4 |date=2020-04-30 |issn=1673-4254 |pmid=32895122 |pmcid= |doi=10.12122/j.issn.1673-4254.2020.04.24 |lire en ligne= |pages=601–605 }}</ref>{{,}}<ref>{{Article |prénom1=Matthew A |nom1=Lalli |prénom2=S Joshua |nom2=Langmade |prénom3=Xuhua |nom3=Chen |prénom4=Catrina C |nom4=Fronick |titre=Rapid and extraction-free detection of SARS-CoV-2 from saliva with colorimetric LAMP |périodique=medRxiv |date=2020-08-06 |pmid=32511508 |pmcid=7273276 |doi=10.1101/2020.05.07.20093542 |lire en ligne= }}</ref>{{,}}<ref>{{Article |prénom1=Mayu |nom1=Nagura-Ikeda |prénom2=Kazuo |nom2=Imai |prénom3=Sakiko |nom3=Tabata |prénom4=Kazuyasu |nom4=Miyoshi |titre=Clinical Evaluation of Self-Collected Saliva by Quantitative Reverse Transcription-PCR (RT-qPCR), Direct RT-qPCR, Reverse Transcription-Loop-Mediated Isothermal Amplification, and a Rapid Antigen Test To Diagnose COVID-19 |périodique=Journal of Clinical Microbiology |volume=58 |numéro=9 |date=2020-08-24 |issn=1098-660X |pmid=32636214 |pmcid=7448663 |doi=10.1128/JCM.01438-20 |lire en ligne= }}</ref>.

=== Diagnostic par scanner pulmonaire ===
Le [[Tomodensitométrie|scanner pulmonaire]], un outil d'imagerie de routine pour le diagnostic de la [[Pneumonie aiguë|pneumonie]], est rapide et relativement facile à réaliser en complément à l'examen clinique, sans être un test de détection virale à proprement parler. Une recherche a révélé que la sensibilité de la méthode pour la détection de la Covid-19 était de 98 %, à comparer à une sensibilité de 71 % pour la RT-PCR<ref>{{Lien web |langue=en |titre=CT provides best diagnosis for COVID-19 |url=https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200226151951.htm |éditeur=[[Science Daily]] |date=26 février 2020}}.</ref>. Pour cette étude, des chercheurs de l'hôpital Tongji de [[Wuhan]], en Chine, ont entrepris d'étudier la valeur diagnostique et la cohérence de l'imagerie thoracique par rapport au test RT-PCR pour le diagnostic de Covid-19.

=== Détection dans la salive par des chiens ===
Une étude pilote menée avec des chiens a montré un taux de détection de 94 %.
=== Diagnostic symptomatique ===
L'[[Agueusie|impossibilité de reconnaître le goût sucré du salé]] peut être un signe indicatif d'une infection<ref>{{Article |titre=Do this simple COVID-19 taste test with Dr. Stern |périodique=YouTube |jour=25 |mois=03 |année=2020 |lire en ligne=https://www.youtube.com/watch?v=QipIAF15gmA}}.</ref>{{,}}<ref>{{Article |titre=Loss of smell and taste in combination with other symptoms is a strong predictor of COVID-19 infection |périodique=MedRxiv |jour=07 |mois=04 |année=2020 |lire en ligne=https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.04.05.20048421v1}}.</ref>{{,}}<ref>{{Article |titre=Alterations in Smell or Taste in Mildly Symptomatic Outpatients With SARS-CoV-2 Infection |périodique=Jama Network |jour=22 |mois=04 |année=2020 |lire en ligne=https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2765183}}.</ref>.

=== Analyse de l'air expiré ===
Il existe des détecteurs électroniques de Sars-Cov2 dans l'air intérieur mais leur coût reste encore élevé<ref>{{Lien web |titre=Coronavirus: Could a Canadian device help detect coronavirus in the air? - YouTube |url=https://www.youtube.com/watch?v=FycNJX8uLgE |site=www.youtube.com |consulté le=2020-12-20}}</ref>{{,}}<ref>{{Lien web |langue=fr |titre=Un capteur suisse permet de détecter le coronavirus dans l’air |url=https://www.heidi.news/sante/un-capteur-suisse-permet-de-detecter-le-coronavirus-dans-l-air |site=www.heidi.news |consulté le=2020-12-20}}</ref>, surtout s'ils utilisent un [[spectromètre de masse]]<ref>{{Lien web |langue=fr |nom=CEA |titre=Il y a dans l’air expiré une signature spécifique des infections à COVID chez les patients |url=https://www.cea.fr/presse/Pages/actualites-communiques/sante-sciences-du-vivant/detection-covs-covid19.aspx |site=CEA/Espace Presse |date=2020-12-10 |consulté le=2020-12-20}}</ref>. Le coût d'utilisation serait toutefois plus faible que celui des tests PCr<ref>{{Lien web |langue=fr |prénom=Céline |nom=Deluzarche |titre=Bientôt des tests respiratoires pour diagnostiquer le coronavirus en moins d’une minute |url=https://www.futura-sciences.com/sante/actualites/coronavirus-bientot-tests-respiratoires-diagnostiquer-coronavirus-moins-minute-83926/ |site=Futura |consulté le=2020-12-20}}</ref>.

== Visée des tests ==
Les tests peuvent être utilisés par différents intervenants : des médecins qui auront une optique de diagnostic ou de sa confirmation, des responsables sanitaires qui souhaitent mettre en œuvre une campagne de dépistage, des épidémiologistes qui souhaitent évaluer le niveau de dissémination de l'épidémie pour 
conseiller les décideurs sur les mesures collectives ou individuelles d'isolement à prescrire.
=== Diagnostic ===
{{section à actualiser|date=janvier 2021}}
Dans l'optique diagnostique, un test a d'autant plus d'intérêt que sa ''[[Valeur prédictive|valeur prédictive positive]]'' est importante. {{référence nécessaire|L'avis général du corps médical est que le test du coronavirus à visée diagnostique est peu utile, que l'on peut se contenter d'une évaluation par les symptômes}}. En effet, si le patient ne manifeste pas les symptômes caractéristiques de l'infection, il intéresse ''a priori'' peu le médecin dans la mesure où il ne requiert ''a priori'' pas d'action de sa part. De plus devant la pénurie de tests de détection, en proportion du niveau de l'épidémie, la détection n'est pas requise par les autorités publiques au titre d'un éventuel traitement préventif. {{référence nécessaire|Au début mai 2020}}, il n'y a d'ailleurs pas de traitement des cas avérés, en phase pré-symptomatique qui soit reconnu par l'[[Académie nationale de médecine|académie de médecine]].

La sensibilité assez mauvaise des tests PCR, proche de 60 % dans la population générale, a semble-t-il contribué à rejeter un doute sur l'efficacité et donc l'utilité des tests pour le diagnostic dans la population générale même si une majorité de contaminés est asymptomatique<ref>{{Article |titre=De nouveaux chiffres venant de Chine suggèrent que quatre patients sur cinq pourraient finalement être asymptomatiques, mais rien ne permet encore de généraliser ces résultats à la pandémie. |périodique=Futura Science |jour=03 |mois=04 |année=2020 |lire en ligne=https://www.futura-sciences.com/sante/actualites/pandemie-coronavirus-quatre-personnes-infectees-cinq-seraient-asymptomatiques-80393/}}.</ref>. En utilisant les valeurs des spécificités (99,2 %) et sensibilité (60,2 %) du test de recherche d'antigènes du virus, et une [[prévalence]] mi-avril de 2,38 %<ref name="1.6m">{{Article |titre=Coronavirus. Près d’1,6 million de Français pourraient avoir été infectés |périodique=Ouest France |jour=09 |mois=04 |année=2020 |lire en ligne=https://www.ouest-france.fr/sante/virus/coronavirus/coronavirus-pres-d-1-6-million-de-francais-pourraient-avoir-ete-infectes-6804257}}.</ref>, on trouve une valeur prédictive positive par test vaut 0,65 et une valeur prédictive négative 0,99<ref>{{Article |titre=Valeur prédictive positive, p 37/41 |périodique=Probabilité et biostatistique, Upmc |année=2020 |lire en ligne=http://www.chups.jussieu.fr/polys/biostats/CoursProba1.pdf}}.</ref>. En utilisant les valeurs de spécificité (75 %) et sensibilité (55 %) du test Rt-PCR, et une prévalence mi-avril de 2,38 %<ref name="1.6m" />, on trouve une valeur prédictive positive de 0,49 et une valeur prédictive négative de 0,985.

La valeur de 0,49 de la valeur prédictive positive<ref>{{Article |auteur1=Has |titre=Revue rapide sur les tests de détection antigénique du virus SARS-CoV-2, p17/42 |périodique=Has |date=Octobre 2020 |lire en ligne=https://www.has-sante.fr/upload/docs/application/pdf/2020-10/synthese_tests_antigeniques_vd.pdf}}</ref>, en prenant en compte la prévalence estimée début avril, montre l'importance des critères d'inclusion si on veut comparer l'efficacité des traitements de deux études, pour éviter un [[biais de sélection]]. Il y avait en effet à cette date une proportion<ref>{{Article |titre=Évaluation des procédures de dépistage, p. 6/11 |périodique=Univ Tls |année=2020 |lire en ligne=http://www.medecine.ups-tlse.fr/DCEM2/module1/sous_module1/011_depistage_CA_SA.pdf}}.</ref> en moyenne d'au moins 1/2 de [[faux positif]] si le critère d'inclusion est uniquement fondé sur un test Pcr. Si de plus 80 % des patients guérissent sans symptômes, la seule sélection des patients symptomatiques retient des profils spécifiques, avec des chances de guérison moins élevées, que si la sélection retient d'autres types de patients.

La similarité des symptômes de l'épidémie avec ceux de la grippe, fait par ailleurs qu'en pratique les tests ont été systématiquement utilisés, pour confirmer le diagnostic clinique afin semble-t-il d'éviter des hospitalisations inutiles, alors que l'intégration du nouveau Sars-Cov2 à un test MultiPlex Pcr<ref>{{Article |langue=en |auteur1=Tai Ai & Others |titre=Apport d’un nouveau test de PCR Multiplex pour la détection des virus respiratoires |périodique=40ème Colloque National des Biologistes des Hôpitaux |jour=26 |mois=09 |année=2011 |lire en ligne=https://collegebvh.org/system/files/fichiers/document/fichiers/m04-stoll_keller-virus_respiratoires.pdf}}.</ref> se justifie peut-être davantage, en particulier en période hivernale<ref>{{Article |langue=en |titre=Techniques actuelles de diagnostic des infections virales respiratoires en réanimation, p4/10 |périodique=40ème Colloque National des Biologistes des Hôpitaux |année=2007 |lire en ligne=https://www.srlf.org/wp-content/uploads/2015/11/0706-Reanimation-Vol16-N3-p200_209.pdf}}.</ref>.
Compléter le test PCR par un scanner pulmonaire apporterait sans doute une valeur prédictive positive, plus élevée de 0,74<ref>{{Article |langue=en |auteur1=Tai Ai & Others |titre=Correlation of Chest CT and RT-PCR Testing in Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) in China: A Report of 1014 Cases |périodique=Radiology |jour=26 |mois=2 |année=2020 |lire en ligne=https://pubs.rsna.org/doi/full/10.1148/radiol.2020200642}}.</ref>, qu'un test Pcr seul qui n'est individuellement pas très performant en comparaison d'un diagnostic à partir d'un scanner pulmonaire associé à un traitement d'images<ref>{{Article |langue=en |auteur1=Ophir Gozes & Others |titre=Coronavirus Detection and Analysis on Chest CT with Deep Learning |périodique=arXiv |jour=6 |mois=04 |année=2020 |lire en ligne=https://arxiv.org/pdf/2004.02640.pdf}}.</ref>
(sensibilité 94 %, spécificité 98 %) ou d'un test Pcr multiplex (sensibilité 99 %, spécificité 98 %). Ainsi, pour éviter un faux négatif résultant, d'un test PCr en présence de symptômes, un scanner thoracique<ref name="role" /> peut être envisagé.

Une étude rétrospective chinoise, publiée le {{date-|11 avril 2020}} dans le ''Journal of Clinical Virology'', portant sur 301 malades hospitalisés présentant des formes moyennes ou sévères (mais dont aucun n'a nécessité un transfert en U.S.I.), {{nb|1113 RT-PCR}} ont été effectués chez ces patients sur des prélèvements nasaux ou laryngés (nez et bouche). Cette étude permet d'établir la dynamique de la RT-PCR<ref name=":28">{{Article |langue=en |prénom1=Ai Tang |nom1=Xiao |prénom2=Yi Xin |nom2=Tong |prénom3=Chun |nom3=Gao |prénom4=Li |nom4=Zhu |titre=Dynamic profile of RT-PCR findings from 301 COVID-19 patients in Wuhan, China: a descriptive study |périodique=Journal of Clinical Virology |date=2020-04-11 |issn=1386-6532 |pmcid=PMC7151472 |doi=10.1016/j.jcv.2020.104346 |lire en ligne=http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1386653220300883 |consulté le=2020-04-16 |pages=104346}}.</ref> :
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|} 
Une méta-analyse publiée le {{date-|13 Mai 2020}} dans le ''[[Annals of Internal Medicine]]'' évoque aussi des faux négatifs évoluant de 38 % à J5 (jour moyen de début des symptômes) à 20 % à J8 pour remonter à 21 % à J9 puis 66 % à J21<ref>{{Lien web |langue=en |auteur=Lauren M. Kucirka, MD, PhD, Stephen A. Lauer, PhD, Oliver Laeyendecker, PhD, MBA, Denali Boon, PhD, Justin Lessler, PhD |titre=Variation in False-Negative Rate of Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction–Based SARS-CoV-2 Tests by Time Since Exposure |url=https://www.acpjournals.org/doi/10.7326/M20-1495 |site=[[Annals of Internal Medicine]] |périodique=[[Annals of Internal Medicine]] |date=13/5/20 |consulté le=19/5/20}}.</ref>{{,}}<ref>{{Lien web |langue=fr |nom=Vingtcinq |titre=Variation in False-Negative Rate of Reverse Transcriptase... |url=https://bibliovid.org/variation-in-false-negative-rate-of-reverse-transcriptase-polymerase-chain-react-594 |site=Bibliovid |consulté le=2020-05-19}}.</ref>.

=== Dépistage ===
L'autre utilisation d'un test est de permettre le tri des contaminés afin d'éviter le plus possible la dissémination de l'épidémie. Dans cette optique le test a d'autant plus d'intérêt qu'il a au moins une ''valeur prédictive positive'' ou ''négative'' importante. Ce sont davantage les décideurs: gestionnaires des politiques sanitaires<ref>{{Article |titre=Coronavirus. Le Grand Est se prépare à acheter des millions de tests en vue du déconfinement |périodique=Ouest France |jour=09 |mois=04 |année=2020 |lire en ligne=https://www.ouest-france.fr/sante/virus/coronavirus/coronavirus-le-grand-est-se-prepare-acheter-des-millions-de-tests-en-vue-du-deconfinement-6804675}}.</ref> {{,}}<ref>{{Article |langue=en |titre=Base protocol for real time active random surveillance of coronavirus disease (COVID-19) – Adapting veterinary methodology to public health |périodique=One Health|volume=9|date=juin 2020|lire en ligne=https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2352771420300483|auteur=Alessandro Foddai et al.}}.</ref>, directeurs d'hôpitaux<ref name="6000pro">{{Article |titre=Coronarivus : plus de 6.000 professionnels de santé contaminés depuis le début de la crise en France |périodique=Lci |jour=10 |mois=04 |année=2020 |lire en ligne=https://www.lci.fr/sante/coronarivus-covid-19-pandemie-ars-plus-de-6-000-professionnels-de-sante-contamines-depuis-le-debut-de-la-crise-en-france-2150658.html}}.</ref>, gestionnaires de [[Maison de retraite|résidences pour personnes âgées]]<ref>{{Article |titre=Coronavirus : requête en urgence contre le tri des malades |périodique=France Inter |jour=10 |mois=04 |année=2020 |lire en ligne=https://www.franceinter.fr/coronavirus-requete-en-urgence-contre-le-tri-des-malades}}.</ref>, responsables d'entreprises<ref>{{Article |titre=Coronavirus : 600 salariés en télétravail suite à un cas confirmé chez Merck dans le Bas-Rhin |périodique=Le journal des entreprises |jour=03 |mois=03 |année=2020 |lire en ligne=https://www.lejournaldesentreprises.com/alsace/article/coronavirus-600-salaries-en-teletravail-suite-un-cas-confirme-chez-merck-dans-le-bas-rhin-473476}}.</ref> qui sont concernés dans ce but. Si on utilise les tests sérologiques ou Rt-Pcr la fiabilité d'un ''tri'' repose en particulier sur la bonne valeur prédictive négative obtenue, en particulier si on renouvelle régulièrement les prescriptions.

==== Quel test utiliser ? ====
{{à internationaliser|date=septembre 2020}}
La [[valeur prédictive]] négative est assez complexe à évaluer car elle dépend en théorie des valeurs déclarées du test ([[Sensibilité et spécificité|sensibilité]], [[Sensibilité et spécificité|spécificité]]), de la [[prévalence]]. Mais en pratique la sensibilité affichée est une moyenne, qui varie beaucoup suivant la situation du patient au moment du test : [[Période d'incubation|incubation]], [[séroconversion]]. La {{Lien|fr=Nombre de tests pratiqués par pays|lang=en|trad=Foundation for Innovative New Diagnostics|texte=Fondation suisse Find}} recense les valeurs des spécificités et sensibilités des tests de détection du SARS-CoV-2<ref>{{Article |langue=en |titre=Test performance, Find |périodique=Find Fundation |année=2020 |lire en ligne=https://finddx.shinyapps.io/COVID19DxData/_w_4bc48e6e/#tab-6953-3}}.</ref>. On voit à partir des données fournies que si la plupart des tests sérologiques offrent une spécificité supérieure à 90 %, peu ont une sensibilité supérieure à 90 % et aucun durant les 7 premiers jours de l'infection ; qu'il y a par ailleurs peu d'offres de tests antigéniques.

La valeur prédictive négative de 0,985 permet en théorie d'utiliser les tests Rt-Pcr pour effectuer un tri, mais en pratique, on constaterait cependant une proportion importante allant de 30 %<ref>{{Article |titre=Coronavirus : la Haute Autorité de santé rend un avis prudent sur les tests sérologiques |périodique=Le Monde |jour=02 |mois=05 |année=2020 |lire en ligne=https://www.lemonde.fr/sante/article/2020/05/02/coronavirus-la-haute-autorite-de-sante-rend-un-avis-prudent-sur-les-tests-serologiques_6038474_1651302.html}}.</ref> à 75 % de [[faux négatif]]s<ref>{{Article |titre=High sensitivity detection of coronavirus SARS-CoV-2 using multiplex PCR and a multiplex-PCR-based metagenomic method, p 3/28 |périodique=biorxiv |jour=19 |mois=03 |année=2020 |lire en ligne=https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.03.12.988246v2.full.pdf}}.</ref>{{,}}<ref>{{Article |titre=Correlation of Chest CT and RT-PCR Testing in Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) in China: A Report of 1014 Cases |périodique=Radiology |jour=26 |mois=02 |année=2020 |lire en ligne=https://pubs.rsna.org/doi/full/10.1148/radiol.2020200642}}.</ref>, qui pourrait s'expliquer par les difficultés pratiques lors du prélèvement utilisé pour le test. Ils sont en France, fin avril, les seuls types de tests qui ont été utilisés pour le dépistage.

Les ''tests sérologiques'' présentent un taux de faux négatifs plus élevé<ref>{{Article |titre=Positif au Covid-19 donc immunisé contre la maladie ? On vous explique pourquoi ce n'est pas si simple |périodique=France Info |jour=12 |mois=04 |année=2020 |lire en ligne=https://www.francetvinfo.fr/sante/maladie/coronavirus/positif-au-covid-19-donc-immunise-contre-la-maladie-on-vous-explique-pourquoi-ce-n-est-pas-si-simple_3908565.html}}.</ref> que les tests antigéniques, qui semblent les plus simples et les plus fiables d'utilisation, même si mi-avril, ils ne sont pas produits en France. En pratique, ils sont quasiment ''inutilisables'' pour faire du ''dépistage''. En effet, le but d'un test de dépistage est de sélectionner la partie de la population qui est potentiellement contaminante et de la mettre à l'isolement lors de cette période. Or le résultat positif d'un test sérologique signifie avec une probabilité probablement supérieure à 50 % que le patient a été contaminant mais ne l'est plus, qu'il n'a le plus souvent plus de charge virale, et il a donc peu d'intérêt en moyenne de le mettre à l'isolement (même si on ne peut parler pour le test de [[faux positif]]). Ainsi, il n'aurait pas beaucoup de sens de mettre à l'isolement pendant trois semaines, les 5 % de la population<ref name="auto">{{Article |langue=en |titre=En France, le Covid-19 aurait contaminé moins de 5 % de la population, loin de l’immunité collective |périodique=Le Monde |jour=13 |mois=05 |année=2010 |lire en ligne=https://www.lemonde.fr/sciences/article/2020/05/13/en-france-le-covid-19-aurait-contamine-moins-de-5-de-la-population-loin-de-l-immunite-collective_6039584_1650684.html}}.</ref> qui sont immunisés contre le virus, et sont donc détectés positivement pour le test. À l'inverse, ceux qui ont été détectés positivement il y a plus d'un mois, n'ont aucune raison objective d'être contraints par des mesures de confinement qui pourraient être décidées dans un territoire, car ils ont une très forte probabilité d'être immunisés et non contaminants<ref>{{Article |titre=Coronavirus et immunité : des premières pistes et beaucoup d’inconnue |périodique=Le Monde |jour=28 |mois=04 |année=2020 |lire en ligne=https://www.lemonde.fr/les-decodeurs/article/2020/04/29/coronavirus-et-immunite-des-premieres-pistes-et-beaucoup-d-inconnues_6038160_4355770.html}}.</ref>. De plus, à cause de la période d'incubation qui peut durer {{nombre|20|jours}}, un résultat négatif ne signifie pas non plus avec une probabilité importante (car la sensibilité est mauvaise pendant cette période) que le patient n'est plus contaminant à l'avenir<ref name="stratdouble" />: la proportion de faux négatifs est donc importante en particulier pendant cette période. La politique, décidée mi-mai, consistant à faire bénéficier sur prescription le personnel médical d'un test sérologique<ref>{{Article |titre=Coronavirus: Salomon rappelle le mode d'emploi de A à Z pour se faire dépister |périodique=Le Monde |jour=19 |mois=05 |année=2020 |lire en ligne=https://www.huffingtonpost.fr/entry/test-coronavirus-moindre-doute_fr_5ec41303c5b649be30a081ef?ncid=other_topvideos_cp1pj3fgmfs}}.</ref>, ne peut s'apparenter à une politique de dépistage, mais plutôt à un suivi épidémiologique, même s'il aurait aussi pu être effectué par sondages. Cependant le résultat positif d'un test sérologique permet de s'assurer avec une très forte probabilité de l'immunité de la personne testée, et par exemple de l'inutilité de se soumettre à la vaccination ou à une période d'isolement après un test Pcr positif.

Un tri de population est d'autant plus efficace que celui-ci est fait plus tôt dans l'évolution de l'épidémie, car la valeur prédictive négative diminue quand la prévalence augmente. En calculant la valeur prédictive d'un test sérologique sur la base d'une prévalence de 0,10 (valeur à retenir mi-avril selon le ministre de la santé)<ref name="www.rtl.fr_14avril2020">{{Article |titre=Coronavirus : "10% de la population présenterait une immunité", dit Olivier Véran sur RTL |périodique=Rtl |jour=14 |mois=04 |année=2020 |lire en ligne=https://www.rtl.fr/actu/bien-etre/coronavirus-10-de-la-population-presenterait-une-immunite-dit-olivier-veran-sur-rtl-7800394341}}.</ref>, on trouve une valeur prédictive négative de 0.97, ce qui montre qu'un tri devient moins efficace qu'au début de l'épidémie (3 % des testés étant des faux négatifs). Ainsi, au contraire, la prévalence restant par exemple plus faible dans la population cible du personnel médical que dans la population générale (3,6 %<ref>{{Article |titre=Covid-19 : est-il vrai que plus de 20 000 professionnels de santé ont été contaminés en France? |périodique=Libération |jour=10 |mois=054 |année=2020 |lire en ligne=https://www.liberation.fr/checknews/2020/05/10/covid-19-est-il-vrai-que-plus-de-20-000-professionnels-de-sante-ont-ete-contamines-en-france_1787919}}.</ref>{{,}}<ref>{{Article |titre=Coronavirus, personnel soignant |périodique=Ouest France |jour=05 |mois=04 |année=2020 |lire en ligne=https://www.ouest-france.fr/sante/virus/coronavirus/coronavirus-la-cgt-observe-une-forte-surcontamination-des-personnels-soignants-6824452}}.</ref> versus 5 %<ref name="auto" />), la valeur diagnostique négative dans cette population, pour le test de détection d'antigènes du virus, est meilleure<ref>{{Article |titre=Qualités diagnostiques des tests biologiques, p. 5/6 |périodique=inist |jour=17 |mois=03 |année=2011 |lire en ligne=http://documents.irevues.inist.fr/bitstream/handle/2042/48079/AVF_2011_2_137.pdf?sequence=1}}.</ref> que dans la population générale. Il semble donc prioritaire de faire les tests de dépistage dans les régions où la prévalence est la plus importante<ref>{{Article |titre=Régions épargnées : pourquoi le virus y circule peu |périodique=Nantes Secteur ouest |jour=30 |mois=04 |année=2020 |lire en ligne=https://nantessecteurouest.wordpress.com/2020/05/01/regions-epargnees-pourquoi-le-virus-y-circule-peu-mediapart/}}.</ref>, ou en expansion
<ref name="cate circu">{{Lien web |titre=Carte circulation virus |url=https://solidarites-sante.gouv.fr/IMG/png/carte-de-france_040520_page_1.png?1588613122 |site=solidarites-sante.gouv.fr |jour=04 |mois=0 |année=2020}}.</ref>{{,}}<ref>{{Article |titre=Évolution du nombre moyen de décès par jour du 1er au 13 avril 2020 rapportés au nombre moyen de décès par jour du 16 au 31 mars 2020 par département |périodique=Insee |jour=30 |mois=04 |année=2020 |lire en ligne=https://www.insee.fr/fr/information/4470857}}.</ref> car le tri risque d'être d'autant moins efficace avec la diffusion naturelle de l'épidémie dans ces régions ou parmi les publics ayant le plus d'interactions sociales<ref>{{Article |titre=Les réseaux sociaux dans la lutte contre le Covid-19 |périodique=La vie des idées |jour=21 |mois=04 |année=2020 |lire en ligne=https://laviedesidees.fr/Les-reseaux-sociaux-dans-la-lutte-contre-le-Covid-19.html}}.</ref>. De plus, l'étude de prévalence publiée par l'institut Pasteur mi-avril laisse penser que la circulation la plus active du virus est en [[Île-de-France]]<ref name="cate circu" />, compte-tenu en particulier d'une forte utilisation des transports en commun<ref>{{Article |titre=Les Franciliens utilisent autant les transports en commun que la voiture pour se rendre au travail, p3/6, fig 4 |périodique=Insee |jour=30 |mois=03 |année=2020 |lire en ligne=https://www.institutparisregion.fr/fileadmin/NewEtudes/Etude_813/NR_542_web.pdf}}.</ref>{{,}}<ref>{{Article |titre=Chine/épidémie de coronavirus : Transports publics interrompus à Wuhan et Icou |périodique=AA |jour=23 |mois=01 |année=2020 |lire en ligne=https://www.aa.com.tr/fr/monde/chine-%C3%A9pid%C3%A9mie-de-coronavirus-transports-publics-interrompus-%C3%A0-wuhan-et-icou/1711716}}.</ref>{{,}}<ref>{{Article |langue=en |titre=How Coronavirus spreads on public transport. This shocking experiment reveals how easily it happens. |périodique=Le Figaro |jour=30 |mois=03 |année=2020 |lire en ligne=https://www.youtube.com/watch?v=vIBY1o_WFYM}}.</ref>{{,}}<ref name="nhknewfacts">{{Article |titre=Coronavirus: New Facts about Infection Mechanisms - NHK Documentary |périodique=NHK WORLD-JAPAN |jour=03 |mois=04 |année=2020 |lire en ligne=https://www.youtube.com/watch?v=H2azcn7MqOU}}.</ref> associée à une prévalence élevée. Les enfants de moins de {{nombre|10|ans}} seraient des porteurs asymptomatiques aussi susceptibles d'être contaminés que les adultes<ref>{{Article |langue=en |titre=Covid-19 : une première étude sérologique en France et déjà beaucoup d’enseignements |périodique=Institut Pasteur communiqué de Presse |jour=23 |mois=04 |année=2020 |lire en ligne=https://www.pasteur.fr/fr/espace-presse/documents-presse/covid-19-premiere-etude-serologique-france-deja-beaucoup-enseignements}}.</ref>, et pas significativement moins que ceux dont l'âge est compris entre {{nombre|10|et=19|ans}}<ref>{{Article |langue=en |titre=Epidemiology and transmission of COVID-19 in 391 cases and 1286 of their close contacts in Shenzhen, China: a retrospective cohort study;p7/9,fig3, |périodique=The lancet |jour=27 |mois=04 |année=2020 |lire en ligne=https://www.thelancet.com/journals/laninf/article/PIIS1473-3099(20)30287-5/fulltext#seccestitle80}}.</ref>{{,}}<ref>{{Article |langue=en |titre=SARS-CoV-2 infection in children: Transmission dynamics and clinical characteristics, |périodique=Journal of the Formosan Medical Association |jour=02 |mois=03 |année=2020 |lire en ligne=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7126646/}}.</ref>{{,}}<ref>{{Article |langue=en |titre=Epidemiology of COVID-19 Among Children in China |périodique=Pediatrics |mois=04 |année=2020 |lire en ligne=https://pediatrics.aappublications.org/content/early/2020/03/16/peds.2020-0702.1}}.</ref>{{,}}<ref>{{Article |langue=fr |titre=Maladie de Kawasaki et coronavirus : symptôme, traitement chez l'enfant |périodique=Journal des femmes |jour=04 |mois=05 |année=2020 |lire en ligne=https://sante.journaldesfemmes.fr/fiches-maladies/2633581-maladie-de-kawasaki-covid-19-coronavirus-france-syndrome-symptomes-cause-risques-traitement/}}.</ref>{{,}}<ref>{{Article |langue=en |titre=Key Findings From the Chinese Center for Disease Control and Prevention Report |périodique=jamanetwork |jour=24 |mois=02 |année=2020 |lire en ligne=https://jamanetwork.com/journals/jama/article-abstract/2762130}}.</ref>. Devant la pénurie des tests de détection il serait possible de réserver les tests PCr en deuxième intention, dans la mesure où une simple analyse sanguine des paramètres biologiques peut déjà détecter 70 % des infections à Sars-Cov2<ref>{{Article |titre=Routine blood tests as a potential diagnostic tool for COVID-19 |périodique=Clinical Chemistry and Laboratory Medicine |jour=16 |mois=04 |année=2020 |lire en ligne=https://www.degruyter.com/view/journals/cclm/ahead-of-print/article-10.1515-cclm-2020-0398/article-10.1515-cclm-2020-0398.xml}}.</ref>.

Les tests de dépistage rapide (TROD) peuvent être faits en cabinet médical, en pharmacie ou en entreprise par un professionnel de santé<ref>{{Lien web |titre=Les tests sérologiques TDR, TROD ou Autotest pour Covid 19 |url=https://testscovid19.fr/ |site=testscovid19.fr |date=11 mai 2020 |consulté le=27 novembre 2020}}.</ref>. Un auto-test quasiment similaire au TROD existe. Le test s'effectue en prélevant une goutte de sang, le plus souvent au bout d'un doigt, et en la mettant en contact avec un réactif<ref>{{Lien web |titre=Coronavirus: des tests rapides désormais disponibles en pharmacie |url=https://www.lesechos.fr/industrie-services/pharmacie-sante/coronavirus-des-tests-rapides-desormais-disponibles-en-pharmacie-1223182 |site=[[Les Échos]]|date=12 juillet 2020|auteur=Catherine Ducruet}}.</ref>.

Les tests par prélèvement nasal tel que le test PCR et le test antigénique, doivent être réalisés avec précaution par un professionnel de santé préalablement formé à ce test. Aux États-Unis, un test nasal a percé la paroi du cerveau d'une patiente, il s'agit d'un risque très faible. La patiente avait un problème non diagnostiqué et le test a pu être mal administré au regard de sa condition. Les personnes ayant été opérées des sinus devraient envisager de demander des tests oraux si possible<ref>{{lien web|auteur=Lucie Oriol|auteur institutionnel=[[Agence France-Presse|AFP]]|url=https://www.huffingtonpost.fr/entry/covid-19-test-nasal-perce-paroi-cerveau-risque-faible_fr_5f76f4e9c5b6dd94f1e8fa6f|titre=Covid-19: son test nasal lui perce la paroi du cerveau, un risque très faible}}.</ref>.

==== Groupage ====
Il est également possible de faire des tests par poolage par zone ou groupe de poolage, afin d'économiser le nombre de tests à réaliser<ref>{{Article |langue=en |titre=Group Testing against COVID-19 |périodique=Univ Toulouse |jour=29 |mois=03 |année=2020 |lire en ligne=https://perso.math.univ-toulouse.fr/cattiaux/files/2020/04/Gossner2020group-testing.pdf}}.</ref>{{,}}<ref>{{Article |titre=Les tests groupés : dépister plus avec moins !! COVID 4 |périodique=YouTube |jour=27 |mois=04 |année=2020 |lire en ligne=https://www.youtube.com/watch?v=oz1afOJhHOA}}.</ref>. Les tests PCR sont assez longs à réaliser et il semblerait y avoir des difficultés pratiques pour fusionner leurs prélèvements au-delà de quelques unités. Des tests fondés sur des groupes allant jusqu'à 30 prélèvements ont cependant été déjà mis en œuvre, in vitro<ref>{{Article |langue=en |titre=Tapestry: A Single-Round Smart Pooling Technique for COVID-19 Testing |périodique=YouTube |année=2020 |lire en ligne=https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.04.23.20077727v1.full.pdf}}.</ref> et in vivo<ref>{{Article |langue=en |titre=Asymptomatic Worries: Sample Pooling Used In Blood Banking Will Boost Coronavirus Testing Capacity |périodique=Scintific Blogging |jour=29 |mois=04 |année=2020 |lire en ligne=https://www.science20.com/news_staff/asymptomatic_worries_sample_pooling_used_in_blood_banking_will_boost_coronavirus_testing_capacity-247589}}.</ref>{{,}}<ref>{{Article |langue=fr |titre=Coronavirus : nouvelle méthode de dépistage avec des tests groupés en Israël |périodique=Alliance |jour=22 |mois=03 |année=2020 |lire en ligne=http://www1.alliancefr.com/actualites/coronavirus-plus-de-tests-individuels-mais-des-tests-communs-en-israel-pour-gagner-du-temps-6085253}}.</ref>. Certaines stratégies de groupage permettent aussi de faire des groupes se recouvrant<ref>{{Article |langue=fr |titre=Face à la pénurie de tests, une solution : le dépistage par groupe |périodique=Pour la science |année=2020 |lire en ligne=https://www.pourlascience.fr/sr/covid-19/face-a-la-penurie-de-tests-une-solution-le-depistage-par-groupe-19449.php}}.</ref>{{,}}<ref>{{Article |langue=en |titre=Efficient high throughput SARS-CoV-2 testing to detect asymptomatic carriers |périodique=research gate |année=2020 |lire en ligne=https://www.researchgate.net/publication/340795501_Efficient_high_throughput_SARS-CoV-2_testing_to_detect_asymptomatic_carriers}}.</ref>. Pour réaliser des tests PCR en grand nombre, on est cependant confronté au problème de la pénurie de réactifs<ref name="zoom">{{Article|titre=La France en a commandé 5 millions, la Belgique les utilise déjà : zoom sur les tests rapides|périodique=Industrie-techno|année=2020|lire en ligne=https://www.industrie-techno.com/article/depistage-la-france-en-a-commande-5-millions-la-belgique-les-utilise-deja-zoom-sur-les-tests-rapides.60021}}.</ref>. Les tests sérologiques ne sont pas recommandés pour faire du dépistage, car ils ne mesurent pas la présence du virus et donc pas la contagiosité<ref>{{Article |titre=Les tests sérologiques sont-ils fiables ? |périodique=Libération |jour=21 |mois=04 |année=2010 |lire en ligne=https://www.liberation.fr/checknews/2020/04/21/les-tests-serologiques-sont-ils-fiables_1785531}}.</ref>. La technique serait particulièrement bien adaptée aux tests rapides antigéniques sanguins<ref name="knzje">{{Article |langue=en-GB |titre=Covid-19: China's Qingdao to test nine million in five days |périodique=BBC News |date=2020-10-12 |lire en ligne=https://www.bbc.com/news/world-asia-54504785 |consulté le=2020-10-24}}.</ref>.

Le ''poolage'' pourrait être généralisé pour s'assurer de façon rapide la non contagion d'un groupe d'individus amenés à une certaine coexistence : patients de résidences pour personnes âgées (où 50 % des décès enregistrés ont eu lieu<ref>{{Article |titre=Coronavirus dans les Ehpad : les chiffres de la tragédie qui se joue à Paris, Lyon, Nîmes Mougins... |périodique=L'internaute |jour=04 |mois=05 |année=2020 |lire en ligne=https://www.linternaute.com/actualite/guide-vie-quotidienne/2492361-coronavirus-dans-les-ehpad-la-tragedie-qui-se-joue-a-paris-lyon-nimes-mougins/}}.</ref>), passagers embarquant sur un navire, détenus<ref>{{Article |langue=en |titre=Analysis and Applications of Non-Adaptive and Adaptive GroupTesting Methods for COVID-19 |périodique=medrXiv |jour=05 |mois=04 |année=2010 |lire en ligne=https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.04.05.20050245v1.full.pdf}}.</ref> après avoir fait une estimation de la prévalence<ref>{{Article |titre=Polytechnique:Covid-19 : Group testing, key for a faster recovery |périodique=Covid-19 : Group testing, key for a faster recovery |jour=02 |mois=04 |année=2020 |lire en ligne=https://www.polytechnique.edu/en/content/covid-19-group-testing-key-faster-recovery}}.</ref> En effet, le dépistage de clusters en remontant les chaînes de contacts de ceux qui sont détectés positifs se révèle en pratique inopérant dans de nombreux cas<ref>{{Article |langue=en |titre=Coronavirus : la courbe qui effraie le Japon |périodique=Les Echos |jour=15 |mois=04 |année=2020 |lire en ligne=https://www.lesechos.fr/idees-debats/editos-analyses/coronavirus-la-courbe-qui-effraie-le-japon-1195132}}.</ref>, tandis que le traçage numérique sur la base du volontariat reste en partie du domaine de l'expérimentation<ref>{{Article |langue=en |titre=L’application StopCovid retracera l’historique des relations sociales » : les pistes du gouvernement pour le traçage numérique des malades |périodique=Journal le Monde |jour=23 |mois=04 |année=2020 |lire en ligne=https://www.lemonde.fr/planete/article/2020/04/08/stopcovid-l-application-sur-laquelle-travaille-le-gouvernement-pour-contrer-l-epidemie_6035927_3244.html}}.</ref>{{,}}<ref>{{Article |langue=en |titre=Le projet StopCovid doit être abandonné |périodique=Libération |jour=27 |mois=04 |année=2020 |lire en ligne=https://www.liberation.fr/debats/2020/04/27/le-projet-stopcovid-doit-etre-abandonne_1786576}}.</ref>. En comparaison d'autres pays le traçage des contacts semble peu efficace en France<ref>{{Article |langue=en |prénom1=Dyani |nom1=Lewis |titre=Why many countries failed at COVID contact-tracing — but some got it right |périodique=Nature |volume=588 |numéro=7838 |date=2020-12-14 |doi=10.1038/d41586-020-03518-4 |lire en ligne=https://www.nature.com/articles/d41586-020-03518-4 |consulté le=2020-12-15 |pages=384–387}}</ref>{{,}}<ref>{{Article |langue=en |prénom1=Giulia |nom1=Pullano |prénom2=Laura |nom2=Di Domenico |prénom3=Chiara E. |nom3=Sabbatini |prénom4=Eugenio |nom4=Valdano |titre=Underdetection of COVID-19 cases in France threatens epidemic control |périodique=Nature |date=2020-12-21 |issn=1476-4687 |doi=10.1038/s41586-020-03095-6 |lire en ligne=https://www.nature.com/articles/s41586-020-03095-6 |consulté le=2020-12-28 |pages=1–9 }}</ref>, tandis que le niveau global de détection était insuffisant fin juin 2020<ref>{{Article |langue=en |prénom1=Giulia |nom1=Pullano |prénom2=Laura |nom2=Di Domenico |prénom3=Chiara E. |nom3=Sabbatini |prénom4=Eugenio |nom4=Valdano |titre=Underdetection of COVID-19 cases in France threatens epidemic control |périodique=Nature |date=2020-12-21 |issn=1476-4687 |doi=10.1038/s41586-020-03095-6 |lire en ligne=https://www.nature.com/articles/s41586-020-03095-6 |consulté le=2020-12-29 |pages=1–9 }}</ref>. Le traçage des contacts est en effet difficile à mettre en œuvre en phase 3 de l'épidémie, quand la prévalence a dépassé un certain seuil. La surveillance des clusters serait par ailleurs une méthode globalement insuffisante, 80 % des contaminations étant en réalité le fait de 10 % des malades ([[superinfecteur]])<ref>{{Lien web |langue=fr |titre=Covid-19 : comment certains malades deviennent des supercontaminateurs |url=https://www.lemonde.fr/videos/video/2020/08/15/covid-19-comment-certains-malades-deviennent-des-supercontaminateurs_6049016_1669088.html |site=lemonde.fr |date=15/08/2020}}.</ref>, rendant probablement nécessaire l'utilisation de nouvelles méthodes de détection comme les détecteurs<ref>{{Lien web |langue=en |titre=Company touts sensors that could detect COVID-19 particles in air |url=https://www.youtube.com/watch?v=GQ9c24npibw |site=youtube |date=26/08/2020}}.</ref> ou les tests rapides<ref>{{Lien web |langue=fr |titre=n test ultra rapide pour détecter le coronavirus |url=https://www.futura-sciences.com/sante/actualites/coronavirus-test-ultra-rapide-detecter-coronavirus-82964/ |site=futura-science |date=15/09/2020}}.</ref>. La détection des superinfecteurs est cependant difficile, surtout si l'on s'interdit l'utilisation du groupage<ref>{{Article |langue=anglais |titre=Early detection of superspreaders by mass group pool testing can mitigate COVID-19 pandemic |périodique=medrxiv |date=2020 |lire en ligne=https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.04.22.20076166v1.full.pdf}}.</ref>, ou si l'on utilise pas plus systématiquement dans une moindre mesure la [[PCR quantitative]]<ref>{{Article |langue=fr |titre=Baisser le seuil de détection des tests RT-PCR du Covid-19 pour mieux dépister les individus contagieux |périodique=Industrie et techno |date=15/09/2020 |lire en ligne=https://www.industrie-techno.com/article/baisser-le-seuil-de-detection-des-tests-rt-pcr-du-covid-19-pour-mieux-depister-les-individus-contagieux.61734}}</ref>{{,}}<ref name="peggiesue" />{{,}}<ref name="threshold" />{{,}}<ref name="Singanayagam" /> ou mieux encore une analyse du taux d'[[Interleukine|Interleukine 6]] <ref>{{Article |langue=anglais |titre=Detectable Serum Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 Viral Load (RNAemia) Is Closely Correlated With Drastically Elevated Interleukin 6 Level in Critically Ill Patients With Coronavirus Disease 2019 |périodique=IDSA |date=17 April 2020 |lire en ligne=https://academic.oup.com/cid/article/71/8/1937/5821311}}</ref> ou celle de l'[[Immunoglobuline G]]<ref>{{Article |langue=en |prénom1=David W. |nom1=Denning |prénom2=Anthony |nom2=Kilcoyne |prénom3=Cemal |nom3=Ucer |titre=Non-infectious status indicated by detectable IgG antibody to SARS-CoV-2 |périodique=British Dental Journal |volume=229 |numéro=8 |date=2020-10 |issn=1476-5373 |doi=10.1038/s41415-020-2228-9 |lire en ligne=https://www.nature.com/articles/s41415-020-2228-9 |consulté le=2020-11-28 |pages=521–524}}</ref>, qui permettent de renseigner sur le niveau de contagiosité d'un individu. À défaut, la limitation des situations<ref>{{Lien web |titre=7 steps to identify risky COVID-19 situations |url=https://www.nebraskamed.com/COVID/7-steps-to-identify-risky-covid-19-situations |site=Nebraska medecine}}</ref>. où les super-infecteurs sont susceptibles d'être les plus contaminants parait alors opportune. À l'inverse compte tenu d'un âge médian des décès de {{nombre|84|ans}}<ref>{{Lien web |langue=fr |auteur=Journal des femmes |titre=Victimes du Covid-19 en France : profil, âge, femmes/hommes |url=https://sante.journaldesfemmes.fr/fiches-maladies/2622115-victimes-covid-19-coronavirus-france-moyenne-age-deces-profil-jeune-femme-homme-qui-meurt-chiffres/}}.</ref>, il serait légitime d'imposer à tous les contacts identifiés des plus âgés la réalisation de tests prouvant leur non contagion, en imposant par exemple une surveillance hebdomadaire du personnel médical<ref>{{Lien web |langue=fr-FR |titre=Enquête. Coronavirus. Pourquoi les soignants en Ehpad ont-ils été autant contaminés dans les Hauts-de-France ? |url=https://france3-regions.francetvinfo.fr/hauts-de-france/enquete-coronavirus-pourquoi-soignants-ehpad-ont-ils-ete-autant-contamines-hauts-france-1829500.html |site=France 3 Hauts-de-France |consulté le=2020-10-23}}.</ref>{{,}}<ref>{{Lien web |langue=fr-FR |titre=Covid-19 : pourquoi les nouveaux tests pourraient tout changer ? |url=https://fr.news.yahoo.com/coronavirus-pourquoi-nouveaux-tests-pourraient-tout-changer-160252290.html |site=fr.news.yahoo.com |consulté le=2020-10-24}}.</ref> qui leur est affecté. La réalisation de tests PCR en nombre a déjà été mise en œuvre dans des techniques comme la {{Lien|fr=PCR numérique|lang=en|trad=Digital polymerase chain reaction|texte=PCR numérique}}. La PCR digitale, pratiquée sur un seul prélèvement, a une sensibilité meilleure pour la détection du virus que la PCR
<ref>{{Article |langue=en |titre=Comparison of Droplet Digital PCR to Real-Time PCR for Quantitative Detection of Cytomegaloviruss |périodique=Ncbi |jour=05 |mois=02 |année=2013 |lire en ligne=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3553899/}}.</ref>{{,}}<ref>{{Article |langue=en |titre=ddPCR: a more sensitive and accurate tool for SARS-CoV-22 detection in low viral load specimens |périodique=medrxiv |année=2020 |lire en ligne=https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.02.29.20029439v1.full.pdf}}.</ref>
{{,}}<ref>{{Article |langue=en |titre=Bio-Rad Laboratories ddPCR Shows Accuracy Benefits in COVID-19 Detection Studies |périodique=medrxiv |jour=29 |mois=03 |année=2020 |lire en ligne=https://www.genomeweb.com/pcr/bio-rad-laboratories-ddpcr-shows-accuracy-benefits-covid-19-detection-studies#.Xq6ReKgzaUk}}.</ref>.On pourrait envisager de faire des tests groupés de prélèvements par la Pcr Digitale<ref>{{Article |langue=en |titre=Why go digital in PCR? 8min/40 |périodique=Youtube |jour=15 |mois=02 |année=2026 |lire en ligne=https://www.youtube.com/watch?v=DBpxGOcLnF4}}.</ref>, avec une très bonne détection de la contamination ou non d'un groupe. Une approche fondée sur la métagénomique permettrait de tester {{formatnum:19200}} prélèvements simultanément 
<ref>{{Article |langue=en |titre=A Massively Parallel COVID-19 Diagnostic Assay for Simultaneous Testing of 19200 Patient Samples |périodique=Pennsylvania State University |année=2020 |lire en ligne=https://docs.google.com/document/d/1kP2w_uTMSep2UxTCOnUhh1TMCjWvHEY0sUUpkJHPYV4/edit}}.</ref>. Il existe plus généralement un support théorique pouvant donner lieu à de nombreuses techniques pratiques de {{Lien|fr=groupage de tests|lang=en|trad=Group_testing#Multiplex_assay_design_for_COVID19_testing|texte=groupage de tests}}. Le 17 mai 2020, le [[Haut Conseil de la santé publique|Haut conseil de la santé publique]] a cependant rendu un avis négatif pour l'utilisation du poolage dans l'optique du dépistage<ref>{{Article |langue=en |titre=Coronavirus SARS-CoV-2 : poolage des tests RT-PCR |périodique=Haut conseil de la santé publique |année=2020 |lire en ligne=https://www.hcsp.fr/Explore.cgi/Telecharger?NomFichier=hcspa20200510_corosarscovpooldestestrtpcr.pdf}}.</ref>, contrairement à la pratique de nombreux autres pays ({{Lien|langue=en|trad=List of countries implementing pool testing strategy against COVID-19|fr=Liste des pays pratiquant le groupage pour la détection du COVID-19}}). Tout en reconnaissant que la pratique pourrait diminuer significativement le nombre de tests à réaliser, l'autorité l'a écarté principalement parce que les outils d'amplification à la disposition des laboratoires n'étant pas directement adaptés pour ce type de pratique (fractionnement et groupage des échantillons) ceux-ci nécessiteraient donc des adaptations, et parce que cela rendrait difficile la facturation des tests Pcr par les laboratoires<ref>{{Article |langue=en |titre=La prévention des conflits d’intérêts en matière d’expertise sanitaire, p. 34/91 |périodique=Cour des comptes |année=2016 |lire en ligne=https://www.ccomptes.fr/sites/default/files/EzPublish/20160323-prevention-conflits-interets-en-matiere-expertise-sanitaire.pdf}}.</ref> à la [[sécurité sociale]]. La méthode sera à l'opposé étendue en Israël à partir du début octobre 2020<ref>{{Article |langue=en-US |prénom1=David M. |nom1=Halbfinger |titre=For Quick Coronavirus Testing, Israel Turns to a Clever Algorithm |périodique=The New York Times |date=2020-08-21 |issn=0362-4331 |lire en ligne=https://www.nytimes.com/2020/08/21/health/fast-coronavirus-testing-israel.html |consulté le=2020-09-28}}.</ref>. tandis qu'au même moment, {{nombre|9|millions}} de Chinois ont été testés en cinq jours par le groupage<ref name="knzje" />{{,}}<ref>{{Lien web |langue=en |auteur=Youtube |titre=China mass testing |url=https://www.youtube.com/watch?v=YHDup3gLcHY}}.</ref>, par application d'une méthode déjà validée dans d'autres agglomérations Chinoises<ref>{{Lien web |langue=en |auteur=Dr. Carmen Wiley |titre=Will "Pooled Testing" Work in America? |url=https://www.youtube.com/watch?v=u3Wjg4Np76Y |site=Youtube}}.</ref>. L'utilisation du groupage parait pourtant d'autant plus justifié que mi-mai en moyenne moins de 4 % des tests Pcr réalisés à l'hôpital sont positifs<ref>{{Article |langue=fr |titre=COVID-19, Point épidémiologique hebdomadaire du 14 mai 2020, fig 4 p5/32 |périodique=Santé publique France |année=2020 |lire en ligne=https://www.santepubliquefrance.fr/content/download/252588/2603686}}.</ref> et parfois beaucoup moins<ref>{{Article |langue=fr |titre=Coronavirus: la moitié des agents des écoles de Marseille dépistés, aucun cas positif |périodique=Le Figaro |année=2020 |lire en ligne=https://www.lefigaro.fr/flash-actu/coronavirus-la-moitie-des-agents-des-ecoles-de-marseille-depistes-aucun-cas-positif-20200507}}.</ref>. La pratique permettrait de diminuer sensiblement le délai d'analyse des tests non groupés, qui fin septembre 2020 était en France très fréquemment supérieur à 24h<ref>{{Lien web |langue=fr |titre=Tests: les délais d'obtention des résultats explosent |url=https://www.bfmtv.com/sante/tests-les-delais-d-obtention-des-resultats-explosent_VN-202009100042.html |consulté le=2020-09-25}}.</ref> et en zone de grande circulation du virus (rouge) voisin d'une semaine<ref>{{Article |langue=fr |titre=Médiapart - Tests de dépistage : des délais coûteux pour la Sécu, un business florissant pour les fabricants |périodique=MediaPart |date=octobre 2020 |lire en ligne=http://sante-secu-social.npa2009.org/?Mediapart-Tests-de-depistage-des-delais-couteux-pour-la-Secu-un-business}}.</ref>{{,}}<ref>{{Lien web |langue=fr |titre=Pourquoi l'attente pour un test PCR varie d'un pays à l'autre - YouTube |url=https://www.youtube.com/watch?v=4TcfAKdlN_o |site=www.youtube.com |consulté le=2020-11-02}}.</ref>{{,}}. Le risque de diffusion de l'épidémie augmente en effet avec le délai moyen de réalisation des tests<ref>{{Lien web |titre=Test de dépistage du Covid-19 : des médecins déplorent des délais trop longs - YouTube |url=https://www.youtube.com/watch?v=iHjdq1vtrSE |site=www.youtube.com |consulté le=2020-11-02}}.</ref>{{,}}<ref>{{Lien web |langue=fr |prénom=Cécile |nom=Thibert |titre=Dépistage du Covid-19: les laboratoires débordés par une demande qui explose |url=https://www.lefigaro.fr/sciences/depistage-du-covid-19-les-laboratoires-debordes-par-une-demande-qui-explose-20200904 |site=Le Figaro.fr |date=2020-09-04 |consulté le=2020-11-03}}</ref>.

L'emploi des tests reste le meilleur outil à disposition de cibler quelle population qui doit être mise à l'isolement: celle qui a un test positif. Ceci, même si les tests à disposition détecteront probablement une proportion assez importante de [[faux positif]]s, cela ne diminuera pas pour autant sa capacité à identifier efficacement la population réellement non contaminante. Par contre si la positivité vis-à-vis d'un test n'est pas par exemple assortie de mesures d'isolement (par exemple doit de retrait au niveau professionnel) le dépistage manquera ses objectifs. En France, compte tenu début juin d'un nombre de décès journalier de 60, la maîtrise de l'épidémie se fait par la surveillance des clusters<ref>{{Article |langue=fr |titre=Déconfinement: les "brigades" de traçage, la meilleure arme face au coronavirus? |périodique=HuffingtonPost |jour=01 |mois=06 |année=2020 |date=01/06/20 |lire en ligne=https://www.huffingtonpost.fr/entry/des-brigades-pour-tracer-le-coronavirus-la-solution-de-deconfinement-la-plus-efficace_fr_5ea84209c5b6c3fed182c3c4?ncid=other_huffpostre_pqylmel2bk8}}.</ref>{{,}}<ref>{{Lien web |langue=fr |titre=Les super-contaminateurs COVID 8 |url=https://www.youtube.com/watch?v=Ehex8hR8acA |site=Youtube |périodique=Youtube |date=01/06/2020}}.</ref> et le maintien des mesures barrières<ref>{{Lien web |langue=fr |prénom=Le |nom=Figaro |titre=Coronavirus : quatre morts et une centaine de contaminés après un concert à Amsterdam |url=https://www.lefigaro.fr/musique/coronavirus-quatre-morts-et-une-centaine-de-contamines-apres-un-concert-a-amsterdam-20200512 |site=Le Figaro.fr |date=2020-05-12 |consulté le=2020-06-01}}.</ref>.
Il semble en effet il avoir des divergences entre les avis du conseil scientifique qui préconise {{Citation|un dépistage massif au moindre symptôme}}
<ref>{{Article |titre=Déconfinement : «Un dépistage massif au moindre symptôme», prévient le président du Conseil scientifique |périodique=Le parisien |jour=19 |mois=04 |année=2020 |lire en ligne=http://www.leparisien.fr/societe/deconfinement-un-depistage-massif-au-moindre-symptome-previent-le-president-du-conseil-scientifique-19-04-2020-8302140.php}}.</ref>, et les conditions affichées par le ministère de la santé<ref>{{Article |titre=Le gouvernement refuse aux entreprises un dépistage généralisé du Covid-19 |périodique=Le Monde |jour=05 |mois=05 |année=2020 |lire en ligne=https://www.lemonde.fr/economie/article/2020/05/05/le-gouvernement-refuse-aux-entreprises-un-depistage-generalise-du-covid-19_6038752_3234.html}}.</ref>{{,}}<ref>{{Article |titre=Coronavirus : l’usine Renault de Sandouville contrainte par la justice de fermer |périodique=Le Parisien |jour=07 |mois=05 |année=2020 |lire en ligne=http://www.leparisien.fr/economie/coronavirus-l-usine-renault-de-sandouville-contrainte-par-la-justice-de-fermer-07-05-2020-8313003.php}}.</ref> qui se limitent, hors prescription médicale
<ref>{{Article |titre=Test de dépistage au coronavirus Covid-19 : qui, où et comment ? |périodique=Santemagazine |année=2020 |lire en ligne=https://www.santemagazine.fr/sante/examens-medicaux/prelevements/test-de-depistage-au-coronavirus-covid-19-qui-ou-et-comment-432724}}.</ref>, à un dépistage sur la base d'un traçage des contacts présumés des porteurs symptomatiques, détectés comme tels (hormis les cas de faux négatifs), et sur la base du volontariat
<ref>{{Article |titre=« Contact Covid » : arrêter les chaînes de transmission du virus pour stopper l’épidémie |périodique=Ameli |jour=06 |mois=05 |année=2020 |lire en ligne=https://www.ameli.fr/assure/actualites/contact-covid-arreter-les-chaines-de-transmission-du-virus-pour-stopper-lepidemie}}.</ref> de ces contacts. Il n'y avait donc pas, jusqu'à fin juin et au niveau national, de modification des conditions requises pour bénéficier d'un test de dépistage<ref>{{Article |titre=Coronavirus : la pénurie de tests entrave le dépistage préventif dans les Ehpad |périodique=Le Monde |jour=04 |mois=05 |année=2020 |lire en ligne=https://www.lemonde.fr/planete/article/2020/05/04/coronavirus-la-penurie-de-tests-entrave-le-depistage-preventif-dans-les-ehpad_6038549_3244.html}}.</ref>{{,}}<ref>{{Article |titre=E COVID-19: Le coronavirus circule toujours, il faut tester beaucoup plus largement |périodique=Le Monde |jour=26 |mois=05 |année=2020 |lire en ligne=https://www.lemonde.fr/idees/article/2020/05/26/le-virus-du-covid-19-circule-toujours-il-faut-tester-beaucoup-plus-largement_6040746_3232.html}}.</ref>. Cependant à partir de la fin juin le ministère de la Santé modifie sa politique pour autoriser le dépistage de toute personne le souhaitant dans les zones de clusters ou périphériques<ref>{{Article |langue=fr |titre=Olivier Véran détaille la stratégie pour éviter une seconde vague |périodique=Le Monde.fr |date=2020-06-25 |lire en ligne=https://www.lemonde.fr/planete/article/2020/06/25/olivier-veran-nous-mettons-tout-en-uvre-pour-eviter-de-devoir-un-jour-reconfiner_6044093_3244.html |consulté le=2020-06-25}}.</ref>, puis le 25 juillet à toute personne le souhaitant.

==== Dépistage par chiens renifleurs (alternative ou complément au test) ====
Des chiens ont pu être dressés pour détecter à l'odeur de la transpiration d'une personne la présence de virus actif dans son organisme. En 2020, un malinois a été utilisé en Corse, et mi-2021, après quatre semaines de formation à l'[[École nationale vétérinaire d'Alfort]], un [[golden retriever]] de deux ans (Pokaa) est utilisé pour la première fois en [[Ehpad]] à Strasbourg pour détecter les malades afin de les isoler et les soigner plus tôt. Selon le {{Dr}} Pierre Kohser, médecin de La Roselière, {{Citation|il a reconnu « à 100 % » les positifs et les négatifs ; capable de « repérer l’ensemble des variants connus », Pokaa score à "100 % sur les symptomatiques" et à "95 % sur les asymptomatiques", catégorie qu’il est crucial de repérer, ajoute Alain Legrand (directeur général de [[Handi'chiens]], association qui éduque des chiens d’assistance pour personnes en situation de handicap), il peut même "détecter le virus à peu près 48 heures avant les tests PCR"}}<ref>{{Lien web |langue=fr |titre=Voici Pokaa, premier chien renifleur de Covid-19 déployé dans un Ehpad |url=https://www.lavoixdunord.fr/1052846/article/2021-08-04/voici-pokaa-premier-chien-renifleur-de-covid-19-deploye-dans-un-ehpad |site=LA VDN |date=2021-08-04 |consulté le=2021-08-05}}.</ref>.

=== Suivi épidémiologique ===
Si un dépistage systématique est le plus souhaitable, la pénurie des tests de détection oblige à se contenter d'objectifs moins ambitieux comme des dépistages ciblés (sur la base de critères probabilistes de présence) ou le suivi épidémiologique.
Utiliser un test dont la sensibilité est au mieux de 70 %, en vue d'''estimer'' la dissémination (ou [[prévalence]]) de l'épidémie comportera une marge d'incertitude<ref>{{Article |langue=en |titre=Exact confidence limits for prevalence of a disease with an imperfect diagnostic test p3/5 |périodique=Epidemiology & Infection |jour=03 |mois=03 |année=2010 |lire en ligne=https://www.cambridge.org/core/services/aop-cambridge-core/content/view/0644C396D4364B292419FB0BA1A30BA2/S0950268810000385a.pdf/exact_confidence_limits_for_prevalence_of_a_disease_with_an_imperfect_diagnostic_test.pdf}}.</ref>. On pourra par contre évaluer avec plus de précision, du fait de la spécificité élevée, la part de la population qui n'a pas été contaminée. Les tests sérologiques ont été employés avec succès pour ce type de dépistage, car ils mesurent très efficacement les individus ayant fait une [[séroconversion]] (immunisés).

L'évaluation de la prévalence<ref name="auto" /> est importante car elle intervient dans le calcul des valeurs prédictives des tests. Des estimations géographiques réactualisées de la prévalence à défaut<ref>{{Article |langue=en |titre=Rapport : Limites et délais dans l’estimation du nombre de reproduction |périodique=Groupe de modélisation de l’équipe ETE |jour=07 |mois=04 |année=2020 |lire en ligne=http://alizon.ouvaton.org/Rapport5_R.html}}.</ref> de celles du ''taux de reproduction de base'' <math>R_0</math> (ie <math>R_t</math>) pourraient sans doute permettre de mettre en place une politique géographique de ''stop-and-go'' de confinement, comme cela a dans un premier temps été pratiqué dans l'[[Oise (département)|Oise]]. C'est en effet davantage la ''dynamique'' de la contamination que son niveau qu'il est intéressant de surveiller. La surveillance éventuellement mise en place, n'est cependant qu'un moyen d'évaluer la nécessité de mesures de confinement, le niveau d'exigence des mesures barrières<ref>{{Article |langue=en |titre=Mise en œuvre des mesures visant à limiter la contamination interhumaine (mesures barrières) |périodique=Ministère de la santé plan pandémie grippale |jour=0 |année=2011 |lire en ligne=https://solidarites-sante.gouv.fr/IMG/pdf/1C7.pdf}}.</ref> à mettre en place, mais peut difficilement aller à l'encontre de facteurs préexistants comme la densité de population, les dispositifs médicaux à disposition, la propension à respecter des mesures de confinement, le niveau sanitaire, la promiscuité..

== Production de kits de test ==
La Chine a annoncé qu'elle produisait chaque jour {{unité|1.7|million}} de tests à base d'acide nucléique et {{unité|350000|kits}} de test d'anticorps au {{date-|25|février|2020}}<ref>{{Lien web |langue=en |auteur=Emmi Laine |titre=China Makes Over 1.7 Million Covid-19 Testing Kits per Day, Official Says |url=https://yicaiglobal.com/news/china-makes-over-17-million-covid-19-testing-kits-per-day-official-says |éditeur=Yicai Global |date=25 février 2020}}.</ref>.

Le [[Canada]] a approuvé un test d’ADN portatif, nommé le « cube Spartan » par l’entreprise de biotechnologie basée à [[Ottawa]] qui l’a développé, Spartan Bioscience. Le [[gouvernement de Québec]] a déjà commandé {{formatnum:200000}} de ces tests<ref>{{Lien web |auteur=Stéphanie Marin |titre=Un test rapide et portatif de dépistage approuvé par Santé Canada |url=https://www.lapresse.ca/covid-19/202004/13/01-5269115-un-test-rapide-et-portatif-de-depistage-approuve-par-sante-canada.php |site=La Presse |périodique=Le Presse canadienne |date=2020-04-13 |consulté le=2020-04-13}}.</ref>.

L'[[Algérie]] est le deuxième pays africain à produire les tests, après l'[[Afrique du Sud]]. Les tests sont fabriqués par l'entreprise pharmaceutique Vital Care, basée à [[Alger]] avec une capacité de production de {{nombre|200000|tests}} par semaine<ref>{{Lien web |titre=L'Algérie lance sa production de kits de dépistage : une première au Maghreb |url=https://www.beurfm.net/news/l-algerie-lance-sa-production-de-kits-de-depistage-une-premiere-au-maghreb-21169 |site=www.beurfm.net}}.</ref>.

== Collecte d'échantillons ==
Le test de RT-PCR en temps réel peut être effectué sur des échantillons respiratoires obtenus par diverses méthodes, y compris un [[écouvillonnage nasopharyngé]] ou un échantillon d'[[expectoration]]<ref name="20200130cdc">{{Lien web |titre=2019 Novel Coronavirus (2019-nCoV) Situation Summary |url=https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/summary.html |site=[[Centers for Disease Control and Prevention]] |date=30 January 2020 |consulté le=30 janvier 2020 |archive-url=https://web.archive.org/web/20200126210549/https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-nCoV/summary.html |archive-date=26 January 2020}}.</ref>{{,}}<ref name="20200129cdc">{{Lien web |titre=Real-Time RT-PCR Panel for Detection 2019-nCoV |url=https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/lab/rt-pcr-detection-instructions.html |site=[[Centers for Disease Control and Prevention]] |date=29 January 2020 |consulté le=1 février 2020 |archive-url=https://web.archive.org/web/20200130202031/https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/lab/rt-pcr-detection-instructions.html |archive-date=30 January 2020}}.</ref>. Les résultats sont généralement disponibles en quelques heures à {{nombre|2|jours}}{{Référence souhaitée|date=18 avril 2024}}.

[[Hong Kong]] a mis en place un système permettant aux patients suspects de rester à la maison : le service des urgences fournit un tube d'échantillon au patient, celui-ci crache dedans, le renvoie et obtient un résultat de test quelque temps après<ref>{{Lien web |langue=en |titre=In Age of COVID-19, Hong Kong Innovates To Test And Quarantine Thousands |url=https://www.npr.org/sections/goatsandsoda/2020/02/23/808290390/in-age-of-covid-19-hong-kong-innovates-to-test-and-quarantine-thousands |site=NPR.org}}.</ref>.

Le [[National Health Service|NHS]] britannique a annoncé lui aussi qu'il commencerait à tester les cas suspects à la maison, ce qui évite le risque d'infecter d'autres personnes à l'hôpital et de devoir désinfecter l'ambulance en cas d'utilisation<ref>{{Lien web |langue=en |titre=NHS pilots home testing for coronavirus |url=https://www.mobihealthnews.com/news/europe/nhs-pilots-home-testing-coronavirus |site=MobiHealthNews |date=24 February 2020}}.</ref>.

== Lieux et conditions de prescription des tests ==
En France, par exemple, la détection se faisait, en mars 2020, dans les hôpitaux<ref>{{Lien web |auteur=Laurent Le Goff |titre=Coronavirus. À Rennes, quatre heures pour détecter (ou pas) le virus |url=https://www.ouest-france.fr/sante/virus/coronavirus/rennes-quatre-heures-pour-detecter-ou-pas-le-coronavirus-6757618 |site=Ouest-France.fr |date=28 février 2020}}.</ref>. Le délai était relativement long car il fallait acheminer les prélèvements dans l'un des 120 centres de détection<ref>{{Lien web |titre=Le journal de 13h Replay en Streaming - TF1 |url=https://www.tf1.fr/tf1/jt-13h/videos |site=MYTF1}}.</ref> et réaliser le test PCR qui prend une demi-journée. D'après l'[[Imperial College London]], il faudrait en effet bloquer {{citation|plus de 60 % des contaminations par des mesures de contrôle pour maîtriser l'épidémie}}<ref>{{Lien web |titre=Incubation, contagiosité, mortalité… Les mots qui comptent pour décrire le coronavirus Covid-19 |url=https://www.sciencesetavenir.fr/sante/incubation-contagiosite-mortalite-les-mots-qui-comptent-pour-decrire-le-coronavirus_140939 |site=Sciences et Avenir}}.</ref>. Les [[Maladie à coronavirus 2019#Saisonnalité|conditions climatiques ne joueraient pas]] en faveur d'une atténuation de la diffusion, contrairement à ce qui se produit pour la [[Grippe#Caractère saisonnier|grippe dite saisonnière]]<ref>{{Article |langue=en |titre=Potential impact of seasonal forcing on a SARS-CoV-2 pandemic, p6/8 |périodique=NA |année=2020 |lire en ligne=https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.02.13.20022806v2.full.pdf}}.</ref>, au moins jusqu'en 2022. Ceci semble par ailleurs confirmé par la diffusion observée dans des pays comme l'Iran ou l'Australie, qui connaissent en début d'année des températures printanières pour l'[[hémisphère nord]].

Le taux de patients infectés mais asymptomatiques serait compris entre 1 et 50 %, selon les sources<ref>{{Lien web |langue=en |auteur=Aria Bendix |titre=A Person Can Carry And Transmit COVID-19 Without Showing Symptoms, Scientists Confirm |url=https://www.sciencealert.com/researchers-confirmed-patients-can-transmit-the-coronavirus-without-showing-symptoms |site=ScienceAlert}}.</ref>{{,}}<ref>{{Lien web |titre=Ces 4 cas de coronavirus qui interpellent les chercheurs |url=https://www.huffingtonpost.fr/entry/ces-cas-de-coronavirus-qui-interpellent-les-chercheurs_fr_5e5905ecc5b6beedb4e9cb74 |site=Le HuffPost |date=28 février 2020}}.</ref>{{,}}<ref>{{Lien web |langue=en |titre=MedRixv: Estimation of the asymptomatic ratio of novel coronavirus infections (COVID-19) |url=https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.02.03.20020248v2.full.pdf}}.</ref>. La population juvénile serait pour certains un vecteur de transmission car infectée autant que la population adulte<ref>{{Article |langue=en |titre=Are children actually 'as likely' to get COVID-19 as adults? |périodique=MedicalNewsToday |année=2020 |lire en ligne=https://www.medicalnewstoday.com/articles/are-children-actually-as-likely-to-get-covid-19-as-adults}}.</ref>, pour d'autres le serait peu<ref>{{Article |titre=Arnaud L’Huillier: «Les enfants ne semblent pas être moteurs dans la propagation du virus» |périodique=Le temps |jour=13 |mois=03 |année=2020 |lire en ligne=https://www.letemps.ch/sciences/arnaud-lhuillier-enfants-ne-semblent-moteurs-propagation-virus}}.</ref>, en particulier pour les enfants de moins de {{nombre|14|ans}}<ref>{{Article |langue=en |titre=A mathematical model for estimating the age-specific transmissibility of a novel 4 coronavirus , p 13/31 |périodique=NA |année=2020 |lire en ligne=https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.03.05.20031849v1.full.pdf |pages=31}}.</ref>.

Un protocole de détection systématique ciblé par foyer ou micro-foyer d'infection, comme il a été utilisé dans les pays asiatiques (méthode de type {{Citation étrangère|langue=en|Surveillance-containment}}<ref>{{Article |langue=en |titre=Surveillance-containment searching |périodique=M Library Online Exhibits |jour=19 |mois=3 |année=2020 |lire en ligne=https://www.lib.umich.edu/online-exhibits/exhibits/show/smallpox-eradication-india/indian-engages-pandemic/surveillance-containment-searc}}.</ref>{{,}}<ref>{{Article |titre=L'OMS appelle à intensifier les tests de dépistage de coronavirus |périodique=M Library Online Exhibits |jour=17 |mois=3 |année=2020 |lire en ligne=http://french.china.org.cn/foreign/txt/2020-03/17/content_75822840.htm}}.</ref>), n'est pas privilégié par le ministère de la santé, en France<ref name="lci">{{Lien web |titre=Tests de dépistage du coronavirus : comment fonctionnent-ils en France ? |url=https://www.lci.fr/sante/video-tests-de-depistage-du-coronavirus-comment-fonctionnent-ils-en-france-2147347.html |site=lci.fr |date=6 mars 2020}}.</ref>{{,}}<ref>{{Article |titre=Coronavirus, analyse des données épidémiques dans le monde : diagnostiquer doit être la priorité |périodique=YouTube |jour=17 |mois=3 |année=2020 |lire en ligne=https://www.youtube.com/watch?v=K7g4WKoS_6U}}.</ref>, faute de disposer d'assez de tests et de centres de détection et de parvenir à maîtriser complètement les questions connexes de pénuries de masques de protection<ref>{{Article |langue=en |titre=What Are The Best Materials for Making DIY Masks? |périodique=SmartAir |jour=08 |mois=03 |année=2020 |lire en ligne=https://smartairfilters.com/en/blog/best-materials-make-diy-face-mask-virus/}}.</ref>{{,}}<ref>{{Article |langue=en |titre=How to make your own best microfiber face mask with filter and contact spacer in 90 seconds |périodique=Youtube |jour=16 |mois=03 |année=2020 |lire en ligne=https://www.youtube.com/watch?v=6ZfzHun79hI}}.</ref>{{,}}<ref>{{Article |langue=en |titre=N95 Filtering Facemask Respirator Ultraviolet Germicidal Irradiation (UVGI) Process for Decontamination and Reuse |périodique=Nebraskamed |année=2020 |lire en ligne=https://www.nebraskamed.com/sites/default/files/documents/covid-19/n-95-decon-process.pdf}}.</ref>{{,}}<ref>{{Article |titre=Avis d’experts relatif à la stratégie de constitution d’un stock de contre-mesures médicales face à une pandémie grippale, p. 7/55 |périodique=SantePubliquefrance |mois=05 |année=2019 |lire en ligne=https://www.santepubliquefrance.fr/content/download/186926/2320488}}.</ref>{{,}}<ref>{{Article |titre=Coronavirus : en Chine, les usines de masques poussent comme des champignons |périodique=LeParisient |jour=27 |mois=03 |année=2020 |lire en ligne=http://www.leparisien.fr/economie/coronavirus-en-chine-les-usines-de-masques-poussent-comme-des-champignons-27-03-2020-8288973.php}}.</ref>, de réactifs<ref>{{Article |titre=Dépistage du Covid-19 : quels sont ces réactifs dont on manque? |périodique=Liberation |jour=26 |mois=03 |année=2020 |lire en ligne=https://www.liberation.fr/sciences/2020/03/26/depistage-du-covid-19-quels-sont-ces-reactifs-dont-on-manque_1783043}}.</ref>, (comme de respirateurs<ref>{{Article |titre=Italie : des masques de plongée transformés en respirateurs |périodique=Libération |jour=24 |mois=03 |année=2020 |lire en ligne=https://www.liberation.fr/direct/element/italie-des-masques-de-plongee-transformes-en-respirateurs_111166/}}.</ref> en réanimation) due en particulier à l'insuffisance de la production nationale<ref>{{Article |auteur1=Béligh Nabli |titre=Bas les masques ! |périodique=Libération |jour=19 |mois=3 |année=2020 |lire en ligne=http://egalites.blogs.liberation.fr/2020/03/19/bas-les-masques/}}.</ref>{{,}}<ref>{{Article |auteur1=Dupont Aignan |titre=Coronavirus : intervention de Nicolas Dupont-Aignan à l'Assemblée Nationale |périodique=YouTube |jour=19 |mois=3 |année=2020 |lire en ligne=https://www.youtube.com/watch?v=urPGOlijWp0}}.</ref>. Les exemples de la contamination de l'[[EHPAD]] de Vill'alizé<ref>{{Lien web |titre=Coronavirus : 10 personnes âgées confinées à l’Ehpad de Thise |url=https://www.macommune.info/coronavirus-10-personnes-agees-confinees-a-lehpad-de-thise/ |site=macommune.info}}.</ref>{{,}}<ref>{{Article |titre=Covid-19 : onze morts dans un Ehpad du Doubs |périodique=Libération |jour=19 |mois=3 |année=2020 |lire en ligne=https://www.20minutes.fr/monde/2743283-20200318-coronavirus-italie-tres-prudents-pic-pandemie-experts-conseillent-prolonger-confinement}}.</ref>{{,}}<ref>{{Article |titre=Liberation 27/03/20: 241 Ehpad sur 600 touchés par le Covid 19 |périodique=Liberation |jour=27 |mois=03 |année=2020 |lire en ligne=https://www.liberation.fr/direct/element/en-ile-de-france-la-vague-est-la-les-chiffres-sont-vertigineux_111374/}}.</ref>{{,}}<ref>{{Article |titre=Coronavirus: pourquoi les morts au sein des Ehpad ne sont pas comptabilisés dans les bilans |périodique=BfmTv |jour=2 |mois=3 |année=2020 |lire en ligne=https://www.bfmtv.com/sante/coronavirus-pourquoi-les-morts-au-sein-des-ehpad-ne-sont-pas-comptabilises-dans-les-bilans-1881623.html}}.</ref> ou encore de la direction de l'[[AP-HP]] qui a reconnu qu'il était encore possible pour les soignants de travailler {{Citation|quand les symptômes sont extrêmement modestes}} montrent le danger de reporter la mise en œuvre d'un test de dépistage à la phase symptomatique de la maladie alors que la période moyenne d'incubation avant symptômes est de {{nombre|6|jours}}<ref>{{Article |titre=COVID-19 : Période d’incubation, dernières données |périodique=SantéLog |jour=25 |mois=3 |année=2020 |lire en ligne=https://www.santelog.com/actualites/covid-19-periode-dincubation-dernieres-donnees}}.</ref>. Ces défauts de dépistage de mise à disposition du matériel de protection du personnel soignant<ref>{{Article |titre=Pénurie de masques : une responsabilité pour faute de l’État ? |périodique=Le club des juristes |jour=24 |mois=03 |année=2020 |lire en ligne=https://www.leclubdesjuristes.com/penurie-de-masques-une-responsabilite-pour-faute-de-letat/}}.</ref>{{,}}<ref>{{Article |titre=Pénurie de masques : Pénurie de masques : une responsabilité partagée par les gouvernements successifs |périodique=Public Sénat |jour=23 |mois=03 |année=2020 |lire en ligne=https://www.publicsenat.fr/article/politique/penurie-de-masques-une-responsabilite-partagee-par-les-gouvernements-successifs}}.</ref>, subis ou résultants de négligence, seraient juridiquement de nature à engager la responsabilité de l'État, et de la direction de certaines [[Maison de retraite|maisons de retraite]]<ref>{{Article |titre=Les Ehpad dans la crainte de l’hécatombe |périodique=Libération |jour=24 |mois=03 |année=2020 |lire en ligne=https://www.liberation.fr/france/2020/03/24/les-ehpad-dans-la-crainte-de-l-hecatombe_1782958}}.</ref>, dans le cadre du [[principe de précaution]]<ref>{{Article |titre=Le principe de précaution devant le Conseil constitutionnel |périodique=ConseilConstitutionnel |jour=25 |mois=11 |année=2014 |lire en ligne=https://www.conseil-constitutionnel.fr/les-membres/le-principe-de-precaution-devant-le-conseil-constitutionnel}}.</ref>, de la non application du droit de retrait<ref>{{Article |titre=Inrs Santé et sécurité du travail:Dans quelles conditions les salariés peuvent-ils exercer leur droit de retrait ? |périodique=Inrs |année=2020 |lire en ligne=http://www.inrs.fr/publications/juridique/focus-juridiques/focus-droit-retrait.html}}.</ref> ou de [[Mise en danger de la vie d'autrui en droit pénal français|mise en danger de la vie d'autrui]]. Ainsi si le ministre de la santé a déclaré dans sa conférence de presse du 28/3/20:
{{Citation|Je demanderai que nous puissions tester en priorité le personnel des Ehpad}}, sa demande parait difficilement réalisable. En effet compte tenu d'un effectif de personnel des maisons de retraite de {{nombre|430000|personnes}}<ref>{{Article |titre=Dress: Le personnel et les difficultés de recrutement dans les Ehpad |périodique=Dress |année=2018 |lire en ligne=https://drees.solidarites-sante.gouv.fr/IMG/pdf/er_1067.pdf}}.</ref>, d'une production de tests, fin mars, par jour au niveau national de 12000 , d'une durée d'incubation du virus de {{nombre|7|jours}}, cela impliquerait de réaliser {{nombre|430000|tests}} hebdomadaires, c'est-à-dire largement au-dessus de la capacité disponible (en comparaison de l'Allemagne où {{nombre|500000|tests}} sont réalisés par semaine<ref>{{Article |titre=Lcl faut trier, trier, trier… en permanence" : pourquoi la France peine autant à multiplier les tests au Covid-19 |périodique=LCI |jour=27 |mois=03 |année=2020 |lire en ligne=https://www.lci.fr/sante/coronavirus-covid-19-il-faut-trier-trier-trier-en-permanence-pourquoi-la-france-peine-autant-a-multiplier-les-tests-2149300.html}}.</ref>). Ceci alors que par ailleurs des instructions sont données pour ne pas hospitaliser les résidents de maisons de retraite en cas d'infection<ref>{{Article |titre=Accès à la réanimation : des consignes officielles ont-elles été données pour les résidents d'Ehpad ? |périodique=Liberation |jour=29 |mois=03 |année=2020 |lire en ligne=https://www.liberation.fr/checknews/2020/03/29/acces-a-la-reanimation-des-consignes-officielles-ont-elles-ete-donnees-pour-les-residents-d-ehpad_1783370}}.</ref> et que le chiffre de {{nombre|100000|morts}} à venir y est jugé probable<ref>{{Article |titre=Coronavirus : le cri d'alarme des Ehpad, 100 000 décès redoutés |périodique=LePoint |jour=21 |mois=3 |année=2020 |lire en ligne=https://www.lepoint.fr/sante/coronavirus-le-cri-d-alarme-des-ehpad-100-000-deces-redoutes-21-03-2020-2368121_40.php}}.</ref>.

Le nombre journalier de tests de dépistage en France est en effet faible comparé [[#Nombre de tests selon les pays|aux autres pays]]: le pays ne serait qu'en {{8e}} position dans le classement des pays par nombre de tests pratiqués, rapportés à la population (8 fois moins de tests qu'en Corée dont la population avoisine les {{nombre|52|millions}})<ref>{{Lien web |langue=en |titre=Current COVID-19 test coverage estimates |url=https://ourworldindata.org/coronavirus#current-covid-19-test-coverage-estimates |site=ourworldindata.org |éditeur=Global Change Data Lab |date=13/03/2020}}.</ref>{{,}}<ref>{{Article |titre=Journal France 2, 7min |périodique=Youtube |jour=6 |mois=3 |année=2020 |lire en ligne=https://www.france.tv/france-2/journal-13h00/1282311-journal-13h00.html}}.</ref>.
Ainsi, d'après le ''[[The New England Journal of Medicine|New England Journal of Medicine]]'', dans une étude portant sur plus de {{unité|1000|patients}} porteurs du coronavirus et hospitalisés en Chine, seulement 43,8 % des patients avaient de la fièvre lors de leur admission<ref>{{Lien web |langue=en |titre=Clinical Characteristics of Coronavirus Disease 2019 in China |url=https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2002032 |site=New England Journal of Medicine}}.</ref> et qu'une autre étude indique que les cas asymptomatiques seraient à l'origine de la contamination de 79 % des cas détectés<ref>{{Article |titre=Coronavirus : le point de 18h sur le Covid-19, mercredi 18 mars |périodique=ScienceEtAvenir |jour=18 |mois=3 |année=2020 |lire en ligne=https://www.sciencesetavenir.fr/sante/coronavirus-le-point-de-18h-sur-le-covid-19-lundi-16-mars_142569}}.</ref>.

L'évaluation de la mortalité apportée par le virus (de 0,6 % à 5 % suivant les pays<ref>{{Lien web |langue=en |titre=The WHO Estimated COVID-19 Mortality at 3.4%. That Doesn't Tell the Whole Story |url=https://time.com/5798168/coronavirus-mortality-rate/ |site=Time}}.</ref>, et probablement de 1 % en moyenne<ref>{{Lien web |langue=en |titre=2019-nCoV: preliminary estimates of the confirmed-case-fatality-ratio and infection-fatality-ratio, and initial pandemic risk assessment |url=https://institutefordiseasemodeling.github.io/nCoV-public/analyses/first_adjusted_mortality_estimates_and_risk_assessment/2019-nCoV-preliminary_age_and_time_adjusted_mortality_rates_and_pandemic_risk_assessment.html |site=institutefordiseasemodeling.github.io}}.</ref>) semble liée au taux de prescription de tests par habitant effectués, et dans une moindre mesure à la qualité des traitements apportés. En effet, si les chiffres des décès sont connus avec une bonne précision, ceux des personnes contaminées sont très approximatifs du fait de la proportion importante d'asymptomatiques, en particulier si les prescriptions de tests sont réservées aux patients symptomatiques en état de détresse respiratoire. La comparaison des courbes de contamination de la Corée et d'autres pays<ref>{{Lien web |titre=Pourquoi l'Italie est-elle tant touchée par le coronavirus ? |url=https://www.huffingtonpost.fr/entry/pourquoi-litalie-est-elle-tant-touchee-par-le-coronavirus_fr_5e66481cc5b60557280877d8 |site=Le HuffPost |date=9 mars 2020}}.</ref> permet de supposer une sous-estimation du nombre de cas réels de contamination en France<ref>{{Article |titre=Pourquoi les chiffres du nombre de Cornavirus sont faux en France |périodique=Altissima |jour=19 |mois=3 |année=2020 |lire en ligne=http://www.altissima.org/pourquoi-les-chiffres-du-nombre-de-cornavirus-sont-faux-en-france-7884.html/}}.</ref>. En particulier, la mortalité apparente dix fois plus élevée en France qu'en Allemagne (dont les capacités de dépistage sont 6 fois<ref>{{Article |titre=Les tests du coronavirus seront plus nombreux en France |périodique=YahooNews |jour=24 |mois=3 |année=2020 |lire en ligne=https://fr.yahoo.com/news/les-tests-du-coronavirus-seront-plus-nombreux-en-france-202516411.html}}.</ref>{{,}}<ref name="assez">{{Article |titre=Les décodeurs: La France pratique-t-ellea ssez de tests? |périodique=Le Monde |jour=20 |mois=3 |année=2020 |lire en ligne=https://www.lemonde.fr/les-decodeurs/article/2020/03/20/coronavirus-la-france-pratique-t-elle-assez-de-tests_6033865_4355770.html}}.</ref> plus élevées qu'en France) est probablement liée en grande partie à une sous estimation du nombre de cas réels en France<ref>{{Article |titre=Coronavirus : pourquoi le taux de mortalité est-il aussi faible en Allemagne ? |périodique=FranceInfo |mois=3 |année=2020 |lire en ligne=https://www.francetvinfo.fr/sante/maladie/coronavirus/coronavirus-pourquoi-le-taux-de-mortalite-est-il-aussi-faible-en-allemagne_3871743.html}}.</ref>{{,}}<ref>{{Article |titre=Covid-19 : l'impossible calcul du taux de mortalité |périodique=FranceCulture |jour=19 |mois=3 |année=2020 |lire en ligne=https://www.franceculture.fr/emissions/radiographies-du-coronavirus/limpossible-calcul-du-taux-de-mortalite}}.</ref>. Les capacités de détection en France sont essentiellement limitées<ref>{{Article |titre=A Marseille, médecins et chercheurs "sur le pied de guerre" face au coronavirus |périodique=Le Point |jour=26 |mois=02 |année=2020 |lire en ligne=https://www.lepoint.fr/societe/a-marseille-medecins-et-chercheurs-sur-le-pied-de-guerre-face-au-coronavirus-26-02-2020-2364660_23.php}}.</ref> par l'équipement en appareils [[thermocycleur]]s du domaine public, disponibles seulement dans les 120 centres de détection. Par ailleurs, malgré l'arrêté du {{date-|7 mars 2020}}<ref>{{Lien web |titre=Arrêté du7/3/20 |url=https://www.legifrance.gouv.fr/affichTexte.do?cidTexte=JORFTEXT000041698000&categorieLien=id |site=[[Légifrance]] |date=7/03/2020}}.</ref> autorisant l'ouverture de nouveaux centres de dépistage, en pratique il a eu assez peu<ref>{{Lien web |titre=Covid-19 : pourra-t-on désormais être testé dans les laboratoires de ville ? |url=https://www.liberation.fr/checknews/2020/03/12/covid-19-pourra-t-on-desormais-etre-teste-dans-les-laboratoires-de-ville_1781296 |site=CheckNews |périodique=Libération |jour=11 |mois=03 |année=2020}}.</ref>{{,}}<ref>{{Article |titre=Test Covid-19 en ville : faute de masques, les laboratoires refusent de tester les patients |périodique=Moniteur des pharmacies |jour=11 |mois=3 |année=2020 |lire en ligne=https://www.lemoniteurdespharmacies.fr/actu/actualites/actus-socio-professionnelles/test-covid-19-en-ville-faute-de-masques-les-laboratoires-refusent-de-tester-les-patients.html}}.</ref>{{,}}<ref>{{Article |titre=la colère d’un généticien qui n'a pas pu réaliser des tests de dépistage du coronavirus |périodique=YahooNews |jour=25 |mois=3 |année=2020 |lire en ligne=https://fr.news.yahoo.com/m-r%C3%A9pondu-qu-fallait-respecter-123641133.html}}.</ref> d'ouvertures de centres, qui étaient au premier semestre 2020 au nombre d'environ 150 en France, presque uniquement en milieu hospitalier, ce qui accroît les risques de [[maladies nosocomiales]]<ref>{{Article |titre=Le système de santé lombard est victime de son excellence |périodique=Libération |jour=22 |mois=03 |année=2020 |lire en ligne=https://www.liberation.fr/planete/2020/03/22/le-systeme-de-sante-lombard-est-victime-de-son-excellence_1782700}}.</ref>{{,}}<ref>{{Article |langue=en |titre=Practical experiences and suggestions on the eagle-eyed observer, a novel promising role for controlling nosocomial infection of the COVID-19 outbreak |périodique=journalofhospitalinfection |mois=02 |année=2020 |lire en ligne=https://www.journalofhospitalinfection.com/article/S0195-6701(20)30096-7/fulltext/}}.</ref>{{,}}<ref>{{Article |langue=en |titre=Ultraviolet light machines are fighting Coronavirus: Here's how |périodique=youtube |jour=18 |mois=3 |année=2020 |lire en ligne=https://www.youtube.com/watch?v=WRXZjLk_4Hk}}.</ref>, (contre par exemple 540<ref>{{Article |titre=Coronavirus : et si la Corée du Sud avait trouvé la bonne stratégie ? |périodique=France cyktyre |jour=12 |mois=03 |année=2020 |lire en ligne=https://www.franceculture.fr/politique/coronavirus-et-si-la-coree-du-sud-avait-trouve-la-bonne-strategie}}.</ref>{{,}}<ref>{{Article |titre=Face au coronavirus, la France doit-elle s'inspirer de la Corée du Sud? |périodique=huffingtonpost |jour=13 |mois=03 |année=2020 |lire en ligne=https://www.huffingtonpost.fr/entry/coronavirus-la-france-doit-elle-sinspirer-de-la-coree-du-sud_fr_5e6b82f9c5b6bd8156f5d924}}.</ref>{{,}}<ref>{{Article |langue=en |titre=Big data contre big virus: des applications traquent les personnes en quarantaine |périodique=Rfi |jour=9 |mois=03 |année=2020 |lire en ligne=http://www.rfi.fr/fr/science/20200309-coronavirus-epidemie-chine-coree-sud-big-data-contre-big-virus}}.</ref> pour la Corée). Le {{date-|16 mars}}, l'[[OMS]] appelle à tester chaque cas suspect<ref>{{Article |titre=L'OMS appelle à tester chaque cas suspect |périodique=7sur7 |jour=16 |mois=3 |année=2020 |lire en ligne=https://www.7sur7.be/monde/l-oms-appelle-a-tester-chaque-cas-suspect~a7ba2738/}}.</ref>. La France en particulier, d'après le journal le Point<ref>{{Article |titre=Exclusif. Comment la France se prive de 150 000 à 300 000 tests par semaine |périodique=Le Point |jour=03 |mois=04 |année=2020 |lire en ligne=https://www.lepoint.fr/sante/exclusif-comment-la-france-se-prive-de-150-000-a-300-000-tests-par-semaine-03-04-2020-2369955_40.php#xtor=CS3-190}}.</ref>, à cause de contraintes réglementaires, serait privée, début {{date-|avril 2020}}, d'une capacité hebdomadaire d'au moins {{nombre|150000|tests}}. Cependant la politique de dépistage reste, à la mi-{{date-|mars 2020}}, [[#Nombre de tests selon les pays|suivant les pays]] très disparate<ref>{{Article |titre=Tests du coronavirus : comment ça fonctionne à l’étranger ? |périodique=Le Parisien |jour=18 |mois=3 |année=2020 |lire en ligne=http://www.leparisien.fr/societe/tests-du-coronavirus-comment-ca-fonctionne-a-l-etranger-18-03-2020-8282625.php}}.</ref>, alors que la réponse à l'épidémie planétaire ne peut se faire efficacement sans action coordonnée des États, et sans s'inspirer de la politique de dépistage des pays<ref>{{Article |titre=COVID-19 : dépister massivement, la recette gagnante de la Corée du Sud |périodique=Radio canada |jour=18 |mois=3 |année=2020 |lire en ligne=https://ici.radio-canada.ca/nouvelle/1674123/coronavirus-coree-sud-tests-tracage-isolement-donnees}}.</ref>{{,}}<ref>{{Article |titre=Contenir le coronavirus sans confinement, la Corée du Sud l'a fait |périodique=huffingtonpost |jour=19 |mois=3 |année=2020 |lire en ligne=https://www.huffingtonpost.fr/entry/contre-le-coronavirus-comment-la-coree-du-sud-a-evite-le-confinement_fr_5e70cc74c5b60fb69dde4a08}}.</ref> ayant réussi à donner une inflexion<ref name="afnorlance">{{Article |titre=L'Afnor lance une plateforme web pour offrir ou trouver des masques |périodique=Fashion Network |jour=10 |mois=4 |année=2020 |lire en ligne=https://fr.fashionnetwork.com/news/L-afnor-lance-une-plateforme-web-pour-offrir-ou-trouver-des-masques,1206060.html}}.</ref> à la courbe des cas détectés. Il y a au niveau européen une pénurie de production<ref>{{Article |titre=Face au coronavirus, seuls quatre pays européens, dont la France, sont capables de produire en nombre des masques |périodique=Usine nouvelle |jour=16 |mois=3 |année=2020 |lire en ligne=https://www.usinenouvelle.com/article/face-au-coronavirus-seuls-quatre-pays-europeens-dont-la-france-sont-capables-de-produire-en-nombre-des-masques.N940566}}.</ref>{{,}}<ref name="afnorlance" /> des masques de protection qui risque de faire perdurer les contaminations, alors que l'Europe est déjà le premier foyer mondial de l'épidémie. Le {{date-|20 mars 2020}}, le président du conseil scientifique estime qu'un dépistage généralisé sera nécessaire à la sortie de la période de confinement<ref>{{Article |titre=Un dépistage massif sera nécessaire après le confinement, selon le président du Conseil scientifique |périodique=Liberation |jour=20 |mois=3 |année=2020 |lire en ligne=https://www.liberation.fr/direct/element/un-depistage-massif-sera-necessaire-apres-le-confinement-selon-le-president-du-conseil-scientifique_110980/}}.</ref>. Les capacités Françaises de production de tests paraissent cependant insuffisantes mi-avril, pour cet objectif et les commandes de tests faites à l'étranger soumises aux alea résultants d'une demande mondiale importante. Ceci alors que les données disponibles mi-mars 2020 laissent penser que la progression de l'épidémie en France suivrait, à peu de différence près, celle de l'Italie avec un décalage de {{unité|6|à=9|jours}} de retard<ref>{{Article |titre=Coronavirus. L’Italie est-elle l’exemple de ce qui attend la France ? |périodique=Ouest France |jour=12 |mois=03 |année=2020 |lire en ligne=https://www.ouest-france.fr/sante/virus/coronavirus/coronavirus-l-italie-est-elle-l-exemple-de-ce-qui-attend-la-france-6775406}}.</ref>{{,}}<ref>{{Article |titre=Coronavirus : la courbe des cas en France suit-elle vraiment celle de l'Italie avec neuf jours de retard ? |périodique=Liberation |date=12/03/2020 |lire en ligne=https://www.liberation.fr/checknews/2020/03/12/coronavirus-la-courbe-des-cas-en-france-suit-elle-vraiment-celle-de-l-italie-avec-9-jours-de-retard_1781285 |site=CheckNews}}.</ref>{{,}}<ref>{{Article |titre=Coronavirus: la France suit-elle la même trajectoire que l’Italie? |périodique=[[BFM TV]] Santé |date=12/03/2020 |lire en ligne=https://www.bfmtv.com/sante/coronavirus-la-france-suit-elle-la-meme-trajectoire-que-l-italie-1873827.html}}.</ref> et que l'effet des mesures de confinement décidées dans ce dernier pays tarde à se faire sentir<ref>{{Article |titre=Evolution des décès en France et en Italie |périodique=Libération |jour=27 |mois=03 |année=2020 |lire en ligne=https://www.liberation.fr/direct/element/la-courbe-francaise-des-morts-suit-toujours-la-courbe-italienne_111384/}}.</ref>{{,}}<ref name="ffdeathitaly">{{Article |langue=en |titre=Coronavirus deaths in Italy, Spain and Us are increasing more rapidly that they did in China (Graphics) |périodique=FinancialTimes |année=2020 |lire en ligne=https://www.ft.com/coronavirus-latest}}.</ref>. La courbe des décès laisse cependant espérer une stabilisation début mai<ref name="ffdeathitaly" />.

== Nombre de tests selon les pays ==
Selon le journal ''[[Le Monde]]'', au {{date-|20 mars 2020}}<ref name=assez/>, on procédait en Allemagne à « {{nombre|160000}} tests par semaine » (= {{nombre|22857|/jour}}), alors qu'en France on en faisait moins de {{nombre|2000|/jour}} jusqu'au {{date-|8 mars}}, et {{nombre|4000|/jour}} à partir du {{date-|13 mars}}.

En Angleterre, selon ''The Guardian'', au {{date-|18 mars 2020}}<ref>[https://www.theguardian.com/world/2020/mar/18/johnson-plans-to-increase-coronavirus-tests-to-25000-a-day ''Johnson plans to increase coronavirus tests to 25,000 a day''], The Guardian, 18-03-2020.</ref>, on procédait à {{nombre|4000|tests /jour}} et le gouvernement annonçait vouloir parvenir rapidement à {{nombre|20000|tests /jour}}.

Aux États-Unis, selon ''[[The New York Times]]''<ref>[https://www.nytimes.com/aponline/2020/03/19/us/politics/ap-us-virus-outbreak-unequal-testing.html ''Celebrities Get Virus Tests, Raising Concerns of Inequality''], nytimes.com, 19-03-2020.</ref>, [[LabCorp]] annonçait pouvoir effectuer {{nombre|10000|tests /jour}} dès le {{date-|23 mars 2020}}, puis {{nombre|20000|tests /jour}} à la fin du mois de mars ; le secteur public n'ayant effectué que {{nombre|30000|tests}} durant les cinq semaines précédentes, selon les données de l'[[université Johns-Hopkins]]. Le {{date-|24 mars}}, la coordinatrice du groupe de travail de la Maison-Blanche sur le coronavirus annonçait que {{nombre|50000}} à {{nombre|70000|tests}} quotidiens étaient pratiqués<ref>{{lien web|langue=en|auteur=Peter Sullivan |titre=Birx: US has done more testing in 8 days than South Korea in 8 weeks |périodique=[[The Hill (journal)|The Hill]]|date=24 mars 2020|lire en ligne=https://thehill.com/policy/healthcare/489274-birx-us-has-done-more-testing-in-8-days-than-south-korea-in-8-weeks}}.</ref>.

Au {{date-|24 mars 2020}}, la France a réalisé {{nombre|101046|tests}}<ref name="bfm">{{Lien web |titre=La France teste beaucoup moins sa population que les autres pays |url=https://www.bfmtv.com/international/infographie-coronavirus-la-france-teste-beaucoup-moins-sa-population-que-les-autres-pays-1885079.html |site=bfmtv.com}}.</ref> contre {{nombre|500000|tests}} par semaine en Allemagne<ref>{{Lien web |titre=L'Allemagne réalise 500 000 tests par semaine |url=https://www.bfmtv.com/mediaplayer/video/coronavirus-l-allemagne-realise-500-000-tests-par-semaine-1233982.html |site=bfmtv.com}}.</ref>, la Corée du Sud, ayant elle réalisé près de {{nombre|400000|tests}} depuis le début de l'épidémie. En rapportant le nombre de tests à la taille de la population nationale, soit le nombre de tests réalisés pour {{nombre|10000|habitants}} dans chaque pays, la France en réalise pour l'instant 15. Cinq fois moins que l'Allemagne (80) ou la Corée du Sud (77)<ref name=bfm/>.

On peut souligner la difficulté d'avoir des chiffres fiables et comparables sur le nombre de tests pratiqués dans chaque pays. Début {{date-|avril 2020}}, le site Worldometer<ref name=":1">{{Lien web |langue=en |titre=Coronavirus Update (Live): 2,333,240 Cases and 160,818 Deaths from COVID-19 Virus Pandemic - Worldometer |url=https://www.worldometers.info/coronavirus/ |site=www.worldometers.info |consulté le=2020-04-19}}.</ref> commence à publier le nombre de tests total par pays: à la date du {{date-|7 avril}}, les chiffres sont de {{formatnum:918460}} pour l'Allemagne (ce qui n'est pas cohérent avec le nombre {{formatnum:500000}} par semaine largement publié dans les médias) et de {{formatnum:224254}} pour la France. Rapporté à la population, cela donne environ 3 fois plus de tests en Allemagne qu'en France et cette proportion reste stable dans les semaines<ref>{{Article |langue=en |titre=To understand the global pandemic, we need global testing – the Our World in Data COVID-19 Testing dataset |périodique=ourworldindata |jour=09 |mois=04 |année=2020 |lire en ligne=https://ourworldindata.org/covid-testing}}.</ref>. Au même moment, le site OurWorldInData<ref>{{Article |langue=en |prénom1=Max |nom1=Roser |prénom2=Hannah |nom2=Ritchie |prénom3=Esteban |nom3=Ortiz-Ospina |prénom4=Joe |nom4=Hasell |titre=Coronavirus Disease (COVID-19) – Statistics and Research |périodique=Our World in Data |date=2020-03-04 |lire en ligne=https://ourworldindata.org/coronavirus |consulté le=2020-04-19}}.</ref> commence lui aussi à présenter des graphiques du nombre de tests par pays ; dans ses explications, ce site explique que les données sont très partielles et notamment que l'on ignore souvent si le décompte officiel concerne le nombre de personnes testées ou le nombre d'échantillons testés.

Dans les décomptes publiés pour chaque pays, il y a une incertitude sur la nature des tests (le type - test virologique RT-PCR ou test d'anticorps - n'étant pas indiqué).

Au {{date-|19 avril 2020}}, selon Worldometer<ref name=":1" />, les pays qui ont réalisé le plus grand nombre de tests ont testé 1 à 3 % de leur population totale - mis à part quelques pays tels que l'Islande qui rapporte 12 % de la population testée, et en supposant que chaque test correspond à un individu différent.. Un rapide balayage du tableau de données montre qu'il n'y a un certain niveau de corrélation entre le nombre total de tests par million d’habitants et le nombre total de cas déclarés. La corrélation semble plus faible entre le nombre total de tests par million d’habitants et le nombre total de décès par million d'habitants (il faut en effet identifier les malades pour les rapporter à un décès de type covid).

Le {{Lien|fr=Nombre de tests pratiqués par pays|lang=en|trad=COVID-19_testing#Testing_statistics_by_country|texte=nombre de tests pratiqués}} rapporté à la population (par million d'habitant), peut être un indicateur quantitatif de la capacité d'un état à repérer les malades contaminés, mais ne l'est pas systématiquement. Cette capacité est aussi liée à la façon dont les tests sont pratiqués. Il y avait par exemple mi-avril cinq fois moins de tests par million d'habitant pratiqués au Japon qu'en France, mais le Japon<ref>{{Article |titre=Le Japon face à l’épidémie |périodique=La vie des idées |jour=17 |mois=04 |année=2020 |lire en ligne=https://laviedesidees.fr/Le-Japon-face-a-l-epidemie.html}}.</ref> s'est plus orienté plus systématiquement vers l'identification des clusters, le port du masque<ref name="nhknewfacts" />{{,}}<ref>{{Article |titre=Face Masks Against COVID-19: An Evidence Review, Fig1 |périodique=pre-print |jour=12 |mois=04 |année=2020 |lire en ligne=https://www.preprints.org/manuscript/202004.0203/v1/download}}.</ref>{{,}}<ref>{{Article |titre=Pourquoi tant de Japonais portent des masques sanitaires ? |périodique=nippon.com |jour=24 |mois=01 |année=2016 |lire en ligne=https://www.nippon.com/fr/features/jg00084/}}.</ref> que vers un dépistage systématique. En effet, dans le cadre d'une politique de dépistage qui doit aussi intégrer une pénurie de tests, il est important d'essayer de maximiser, à un niveau de contagion donné, le rapport <math> \frac {tests_\text{positifs}}{tests_\text{pratiqués}}</math> en définissant des critères probabilistes (mode de vie, professions, contacts, régions ..) susceptibles de cibler le plus possible la population probablement infectée, afin d'économiser au maximum les tests disponibles.

== Sécurité des tests ==
Des réseaux de faux tests ont été repérés durant la pandémie. Des personnes refusant de se faire tester avant de traverser une frontière ou de participer à des événements nécessitant un test négatif ont acheté de faux tests<ref>{{Lien web |langue=fr |prénom=Xavier |nom=Martinage |titre=Amende, prison... quels sont les risques en cas de faux tests PCR ? |url=https://www.capital.fr/economie-politique/amende-prison-quels-sont-les-risques-en-cas-de-faux-tests-pcr-1409278 |site=Capital.fr |date=2021-07-13 |consulté le=2022-09-18}}</ref>. Des entreprises ont entrepris de fournir des solutions de traçabilité des tests comme des [[Code QR|QR codes]]<ref>{{Lien web |langue=fr |titre=Innovation – Une solution vaudoise contre les faux tests Covid |url=https://www.tdg.ch/une-solution-vaudoise-contre-les-faux-tests-covid-466139295098 |site=Tribune de Genève |consulté le=2022-09-18}}</ref>.

== Notes et références ==
{{Références nombreuses|taille=30}}

== Voir aussi ==
=== Bibliographie ===
* {{Article|langue=en|prénom1=David S. Y.|nom1=Ong|prénom2=Paraskevi C.|nom2=Fragkou|prénom3=Valentijn A.|nom3=Schweitzer|prénom4=Roy F.|nom4=Chemaly|titre=How to interpret and use COVID-19 serology and immunology tests|périodique=Clinical Microbiology and Infection|volume=27|numéro=7|date=2021-07|issn=1469-0691|pmid=33975005|pmcid=8106522|doi=10.1016/j.cmi.2021.05.001|lire en ligne=https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33975005|pages=981–986}}.
* {{Article|titre=COVID-19 Diagnosis: Current and Future Techniques|périodique=International journal of biological macromolecules|date=2021-12-01|langue=en|pages=1835-1844|prénom1=Aarjoo|prénom2=Sanjeev|prénom3=Mansi|prénom4=Kirti|nom1=Sharma|nom2=Balda|nom3=Apreja|nom4=Kataria|prénom5=Prince|nom5=Sharma|volume=193|issn=0141-8130|pmid=34774862|doi=10.1016/j.ijbiomac.2021.11.016}}
* {{Article |langue=en |auteur1=Parham Habibzadeh |auteur2=Mohammad Mofatteh |auteur3=Mohammad Silawi |auteur4=Saeid Ghavami |auteur5= Mohammad Faghihi   |titre=Molecular diagnostic assays for COVID-19: an overview |périodique=Critical Reviews in Clinical Laboratory Sciences |date=17 février 2021 |lire en ligne=https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/10408363.2021.1884640|doi=10.1080/10408363.2021.1884640|pmid=33595397}}.

=== Articles connexes ===
{{...}}
* [[Maladie à coronavirus 2019]]

=== Liens externes ===
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* [https://www.sante.fr/cf/centres-depistage-covid.html Lieux de dépistage COVID-19 - Tests virologiques (RT-PCR) et antigéniques de dépistage du COVID-19] sur le site sante.fr

{{Palette|SARS-CoV-2|Épidémie de coronavirus de 2019-2020}}
{{Portail|coronavirus 2019}}

[[Catégorie:Examen microbiologique]]
[[Catégorie:Dépistage et diagnostic en maladie infectieuse]]
[[Catégorie:SARS-CoV-2]]